Je pravda, že Andrej Babiš prozatím vždy jednal v souladu s koaliční smlouvou, a to i v kauze jmenování Miroslava Pocheho ministrem zahraničí. V souvislosti s tím sice mluvil Jan Hamáček o potenciálním porušení koaliční smlouvy, vyšlo však najevo, že Babiš Pocheho jmenování prezidentu republiky navrhl, a koaliční smlouvu tedy neporušil.
Koaliční smlouva (pdf., str. 31) vlády Bohuslava Sobotky uvádí ve čtvrtém bodě IV. části:
„Smluvní strany respektují ústavní právo předsedy vlády navrhovat prezidentu republiky jmenování a odvolání členů vlády. Pro každý takový krok musí předseda vlády hledat podporu příslušné koaliční strany. Předseda příslušné koaliční strany může předsedovi vlády podat návrh na odvolání a jmenování člena vlády nominovaného za tuto stranu. Další postup o takovém návrhu podléhá dohodě předsedy vlády s předsedou příslušné koaliční strany s tím, že předseda vlády by měl návrh předsedy příslušné koaliční strany respektovat.“
Současně v sedmém bodě IV. části stojí:
„Členové vlády budou v personální politice svých ministerstev respektovat zásadu vysoké odbornosti a morální bezúhonnosti.“
Bohuslav Sobotka za dobu svého předsednictví vlády odvolal z ministrů hnutí ANO jen tehdejšího ministra financí Andreje Babiše. Učinil tak po kontroverzi s Babišovými korunovými dluhopisy. Bohuslav Sobotka se nejprve rozhodl pro postup formou demise celé vlády prostřednictvím demise předsedy vlády.
„Je to mé rozhodnutí jako předsedy vlády. Jako předseda vlády reaguju na situaci, která nastala s místopředsedou vlády a ministrem financí. Můj názor je, že Andrej Babiš by nadále neměl zastávat pozici ministra financí,“ uvedl Sobotka. „Není jasné, zda nešidil na daních, jak přišel ke svému majetku,“ vysvětlil premiér. Dodal, že Andrej Babiš je podle něj ve střetu zájmů, protože mu jako ministrovi financí podléhá Finanční správa, která by měla podezřelé okolnosti jeho podnikání prošetřit.
Sobotka si později demisi rozmyslel a uchýlil se k pouhému návrhu na odvolání Babiše z funkce. „Prezident republiky začal tvrdit, že s demisí premiéra nekončí celá vláda a že demise znamená, že se vymění pouze předseda vlády. V takové situaci ale moje demise nedává žádný smysl.“
Namísto Babiše nastoupil necelý půlrok před řádnými volbami Ivan Pilný. Původní kandidátku ANO na křeslo ministra financí Alenu Schillerovou Sobotka odmítl:
„Nemohu souhlasit s tím, aby po odvolání Andreje Babiše z pozice ministra financí zastávala tuto funkci jeho dosavadní náměstkyně pro daně a cla Alena Schillerová. (...) Nemám jako předseda vlády důvěru v to, že dosavadní náměstkyně pro oblast daní Schillerová bude garantovat jednoznačné, důsledné a nestranné prošetření kauz korunových dluhopisů či dalších daňových problémů současného ministra financí.(...) Paní Schillerová, rovněž ve spolupráci s generálním ředitelem Janečkem, prosazuje a obhajuje současný silně represivní způsob přístupu ke správě a výběru daní. V poslední době však roste podezření, že tento postup daňové správy poškozuje a likviduje i poctivé firmy.“
Postup Bohuslava Sobotky nelze považovat za rozporný se zněním koaliční smlouvy. Odvolání Andreje Babiše bylo pouze důsledkem kauz zpochybňujících jeho morální bezúhonnost v čele resortu financí. Předseda vlády sice odvolání učinil i přes odpor dotyčné koaliční strany (bod 4 části IV koaliční smlouvy), avšak stále platí, že navrhovat jmenování a odvolání ministra je ústavní kompetence premiéra, kterou koaliční smlouva uznává. Platí také, že pro splnění podmínky hledání podpory u koaliční strany stačí dle jazykového výkladu, aby se předseda vlády snažil vyhledat podporu pro své konání. Pokud ji však nenajde, neznamená to nutně porušení koaliční smlouvy. Protože se Sobotka snažil vyjednávat o budoucím vývoji koalice, platí, že koaliční smlouvu svým jednáním neporušil. Navíc bylo toto odvolání v souladu s bodem sedmým části čtvrté koaliční smlouvy.
V případě nejmenování navržené Aleny Schillerové postupoval předseda vlády v souladu s koaliční smlouvou, když kandidátku odmítl, neboť „předseda vlády by měl návrh předsedy příslušné koaliční strany respektovat“. Dle jazykového výkladu by tak tedy učinit měl, ale nemusí.