Kraj vznikl (.pdf, str. 85) v roce 2000 (účinností zákona č. 347/1997 Sb.) a byl tvořen 5 okresy ze 3 bývalých krajů (Jihlava, Třebíč a Žďár nad Sázavou byly původně Jihomoravský kraj, Havlíčkův Brod byl ve Východočeském kraji a Pelhřimov v Jihočeském kraji).
V roce 2008 byla zřízena jihlavská pobočka Krajského soudu v Brně. Případy z okresu Havlíčkův Brod stále vyřizuje Krajský soud v Hradci Králové a případy z Pelhřimova Krajský soud v Českých Budějovicích.
Krajské ředitelství policie kraje Vysočina vzniklo až v roce 2010.
Integrovaný záchranný systém je vymezen zákonem č. 239/2000 Sb. Před rokem 2000 tedy IZS nefungoval, ačkoliv základy pro spolupráci byly položeny v roce 1993. Integrovaný záchranný systém slouží při mimořádných událostech (např. povodních), kdy je třeba provádět současně záchranné a likvidační práce pomocí několika složek IZS. Těmi jsou Hasičský záchranný sbor, Policie České republiky, zdravotnická záchranná služba a dílčí jednotky požární ochrany. Integrace těchto složek pak významně usnadňuje koordinaci práce sborů, ale také komunikaci s obyvatelstvem.