Vláda Bohuslava Sobotky v daňovém systému provedla jen několik málo změn a byly spíše drobného rozsahu. Jednalo se zejména o zavedení druhé snížené sazby DPH, která byla v roce 2015 stanovena na 10 %. Této sazbě podléhají léky, knihy, nenahraditelná dětská výživa a potraviny pro osoby trpící celiakií a fenylketonurií. Do této sazby pak byly v roce 2017 zařazeny také noviny.

Vláda dále prosadila změnu slevy na dani na vyživované dítě. V roce 2015 byla zavedena sleva na dani na druhé dítě ve výši 15 804 Kč a na třetí a další dítě ve výši 17 004 Kč. Navyšování této slevy pak proběhlo v roce 2016 a 2017. V tomto případě se ale nejedná o změnu daňových sazeb.

Další změnou bylo zvýšení daně z hazardu, kdy od roku 2017 platí sazby ve výši 23 % a 35 %.

Co např. vláda neupravila, je koncept superhrubé mzdy. Koalice se zavázala (viz slib zrušení superhrubé mzdy), že superhrubou mzdu zruší a tento svůj slib nedodržela. Vláda rovněž nepodpořila tzv. jednotné inkasní místo.

Zákon č. 458/2011 Sb. upravuje daňové a jiné zákony v souvislosti se vznikem tzv. jednotného inkasního místa. Jednalo se o projekt minulých vlád prosazovaný především bývalým ministrem financí Miroslavem Kalouskem. Na jeho základě mělo dojít ke zjednodušení daňové agendy, zavedení jednoho základu pro výpočet daně z příjmů i sociálního a zdravotního pojištění. Celý odvod pak měl být v jedné částce odveden na jeden účet. To bylo doprovázeno změnou ve struktuře finančních i dalších úřadů.

V původním znění zákon rušil také tzv. superhrubou mzdu a zaváděl daňovou sazbu 19 % z hrubé mzdy. To však bylo Sobotkovou vládou změněno, novela č. 267/2014 ruší řadu ustanovení tohoto zákona včetně zrušení superhrubé mzdy. Prakticky tak končí projekt jednoho inkasního místa. (Část novely byla zrušena již dříve zákonným opatřením Senátu, na které se odvolává i koaliční smlouva.)