Dle čl. 63 odst. k Ústavy ČR má prezident právo amnestii vyhlásit. Nicméně tento akt vyžaduje kontrasignaci ze strany premiéra nebo jím pověřeného člena vlády, čímž vláda přebírá odpovědnost za rozhodnutí prezidenta. Prezident je sám ze své funkce ústavně neodpovědný.
Od vzniku České republiky byla amnestie vyhlášena třikrát. Poprvé Václavem Havlem po svém prvním zvolení prezidentem ČR 3. února 1993; podruhé přesně o pět let později, 3. února 1998, opět Václavem Havlem na začátku jeho druhého funkčního období; potřetí Václavem Klausem před koncem jeho druhého volebního období, 2. ledna 2013.