V roce 2009 hrozily Akademii věd (AV) zásadní rozpočtové škrty v souvislosti s reformou financování vědy a finanční krizí. Podle vědců byly tyto škrty likvidační. Po řadě protestů, mediálních vyjádření i jednání k nim nedošlo. Drahoš byl přímým účastníkem těchto jednání, oznámení o umenšení škrtů veřejně zaznělo po jeho schůzce s tehdejším předsedou vlády Fischerem. Z těchto důvodů je výrok hodnocen jako pravdivý.

Šlo o krizi ohledně rozpočtu na vědu na rok 2010 (s výhledem na roky 2011 a 2012) za Fischerovy úřednické vlády, konkrétně po usnesení vlády z 29. července 2009. Příprava reformy ale začala již s Topolánkovou vládou: v průběhu ledna 2008 byla schválena východiska reformy a v březnu pak dokument o samotné reformě.

Zmiňovaná reforma provádí hodnocení výsledků (například publikací, patentů, článků, softwaru atd.) konkrétní instituce převodem na jednotnou numerickou škálu (jde tedy o kvantifikaci vědeckých výstupů). Tuto metodiku považovali vědci za nesprávně postavenou, navíc počítala s větším přísunem peněz do aplikovaného výzkumu (což se dotýká pracovišť AV, které z velké části pracují na výzkumu základním). V souladu s reformou byla první Metodika hodnocení výsledků výzkumu, od které se pak mělo odvíjet konkrétní financování.

Dodejme, že do škrtů na vědu se navíc promítla i potřeba škrtů vzhledem k ekonomické krizi. To je však otázkou celkových priorit státního rozpočtu.

Akademie proti škrtům protestovala. Proti návrhu rozpočtu se stavěly také další výzkumné organizace, jako Rada veřejných výzkumných institucí aplikovaného výzkumu nebo Učená společnost České republiky. Proti škrtům na vědu také probíhaly demonstrace. Vědci považovali reformu za likvidační pro základní výzkum, hlavně pro AV.

Pokud se podíváme na konkrétní čísla, původní plán rozpočtu z roku 2009 počítal s 20% poklesem rozpočtu AV. Zejména ale návrh počítal s dalším postupným krácením výdajů. Z výdajů ve výši 5,8 miliardy, které AV měla rozpočtovány pro rok 2009, šlo o snížení až na 2,8 miliardy v roce 2012. To se nakonec nestalo.

Předseda Drahoš vedl jednání s premiérem Fischerem (jehož vláda nahradila tu Topolánkovu, která padla v březnu 2009) a dosáhl výrazně menšího snížení rozpočtu, než bylo v plánu, a vláda též upustila od návrhu snižovat rozpočet v dalších letech. Toto jednání se uskutečnilo 30. července 2009 a premiér Fischer po něm uvedl, že vláda škrty vůči AV sníží o půl miliardy korun oproti své původní představě. Pokud budeme sledovat, jak se v daných letech vyvíjel rozpočet Akademie věd, je zjevné, že se sice snížil právě v daném roce a postupně mírně klesal, nedošlo ovšem k výraznému seškrtání rozpočtu až na polovinu, jak bylo původně zamýšleno.

Boje o rozpočet ve vědě a metodiku hodnocení výsledků se však táhly delší dobu. V roce 2010 pak bylo obměněno složení Rady pro výzkum, vědu a inovace, která o metodice rozhoduje. Usedl v ní právě Jiří Drahoš, další zástupci univerzit (také současný předseda ODS Petr Fiala) a též zástupci průmyslu.