Předseda KSČM v minulosti skutečně veřejně kritizoval ministry ze jmenovaných resortů. Pokud jde o ministra zdravotnictví Adama Vojtěcha (nestr. za ANO), Vojtěch Filip mu na tiskové konferenci vyčítal odvolání Svatopluka Němečka z funkce ředitele ostravské nemocnice:

„Legitimita těch rozhodnutí, pokud není podložena vnější kontrolou, je pochybná. Já chápu jeho (Adamovu) odvahu některé personální kroky dělat. Ale považuji to za krok velmi špatným směrem.“ Ministr průmyslu a obchodu Tomáš Hüner (nestr. za ANO) byl Filipem kritizován za záměr podepsat dodatek k memorandu o těžbě lithia. Poslanecká sněmovna se přitom v září 2017 usnesla, že memorandum není právně závazné, což podle Filipa nedává smysl. Na toto téma se vyjádřil v České televizi 28. ledna 2018 (čas 44:55):

„...A co mě na tom naštvalo nejvíc. Jestliže hlasy ANO, KSČM a SPD v zářijové schůzi (.....) jsme schválili, že to memorandum je právně nulitní, tak nemůžu k tomu právně nulitnímu dokumentu dělat nějaký dodatek.“ Pro deník Echo24 Filip uvedl, že pokud by byl dodatek podepsán, přestal by o toleranci Babišovy vlády vyjednávat: „Pokud chce ministr Hüner dodatek skutečně podepsat, tak s nimi nemá cenu dál jednat.“ Staronového ministra dopravy Dana Ťoka kritizoval Filip ještě před volbami, v květnu 2017 v Českém rozhlase za prodloužení smlouvy s firmou Kapsch (čas od 4:13): „Ta vláda má problém jako celek (...) Pokud jde o ministra Ťoka, to přece ví každý, že se propadl ten termín, kdy měla být přijata nová pravidla na mýtný systém, a radši se prodlužovala smlouva s Kapschem“ (více zde).