Novým náměstkem ministra zahraničních věcí byl 17. května 2021 jmenován Jan Kohout, který ve funkci nahradil náměstkyni Michaelu Marksovou-Tominovou. Kohout na Ministerstvu zahraničních věcí (MZV) působil již dříve jako ministr, a to v letech 2009–2010 ve vládě Jana Fischera a poté v půlročním období od července 2013 do ledna 2014 ve vládě Jiřího Rusnoka. Opakovaně taktéž zastával pozici náměstka na Ministerstvu zahraničních věcí, nicméně dosud působil jako náměstek ministryně spravedlnosti Marie Benešové.

Jan Kohout během svého druhého ministerského mandátu v prosinci roku 2013 skutečně vydal diplomatický pas poradci prezidenta Martinu Nejedlému, a to na žádost prezidentské kanceláře. Dle zákona č. 329/1999 Sb., o cestovních dokladech, může být diplomatický pas Ministerstvem vydán také dalším osobám vedle těch v zákoně explicitně jmenovaných. Tyto další osoby získávají diplomatický pas se souhlasem ministra zahraničních věcí. Zákon navíc uvádí, že vydávání diplomatických pasů dalším osobám by mělo odpovídat mezinárodním zvyklostem.

Nicméně, co konkrétně znamenají „mezinárodní zvyklosti“, již v zákoně vymezeno není. Dle bývalé tiskové mluvčí Ministerstva zahraničí Michaely Lagronové při žádosti o diplomatický pas pro osobu výslovně neuvedenou v zákoně „Ministerstvo prověřuje, zda cizí státy vydávají osobně ve stejném či analogickém postavení diplomatický pas“. Martin Smolek, náměstek MZV pro řízení sekce právní a konzulární, k vydání diplomatického pasu Martinu Nejedlému uvedl: „Pas může být vydán jiné osobě se souhlasem ministra zahraničních věcí, pokud to odpovídá mezinárodním zvyklostem. Protože jsme takové země našli, to znamená taková mezinárodní zvyklost existuje, a protože tehdejší ministr zahraničních věcí vyjádřil s žádostí souhlas, tak jsme z toho důvodu podle zákona pas vydali.“

Podle tehdejšího tiskového mluvčího MZV Michala Bucháčka získal Martin Nejedlý diplomatický pas „s odůvodněním jeho působení coby poradce v doprovodu zahraničních cest prezidenta republiky a na základě zjišťované mezinárodní zvyklosti“. Bývalý ministr zahraničí Tomáš Petříček se zase nechal slyšet, že „podle mezinárodních zvyklostí poradce prezidenta diplomatický pas mít může“.

Nejedlého diplomatický pas se stal předmětem diskuze v listopadu 2020 v souvislosti s jeho cestou do Moskvy. Poslanec Jan Lipavský vyzval tehdejšího ministra zahraničních věcí Petříčka, aby Nejedlému diplomatický pas odebral. V reakci na tuto výzvu ministr Petříček uvedl, že Nejedlému diplomatický pas vzít nemůže, neboť Nejedlý neskončil ve funkci poradce prezidenta ani nespáchal trestný čin nebo přečin.

Platnost diplomatického pasu Martina Nejedlého uplyne v roce 2023, tedy po deseti letech od jeho vydání.