Vysokou chybovost v souvislosti s kritickým postojem Evropské komise (EK) vůči celému dotačnímu systému v listopadu 2020 zmiňuje například server iRozhlas. Uvádí, že Brusel během loňského auditu prověřoval mimo střet zájmů i projekty spojené s Agrofertem. U nich sice byla zjištěna 67% chybovost, jednalo se však pouze o vybraný vzorek. Chyby byly zjištěny například u dotací, které se týkaly podniků Penam, Lovochemie nebo Cerea. EK tak následně doporučila Ministerstvu průmyslu a obchodu kontrolu dalších projektů spojených s Agrofertem.

Také nejaktuálnější zpráva EK z října 2020 zveřejněná serverem iRozhlas uvádí (.pdf, str. 6), že míra chybovosti v programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost podle auditorů EK v letech 2014–2020 dosahovala 67 %. Vysoká míra chybovosti konkrétního vzorku holdingu Agrofert je zde zmiňována v souvislosti se závažnými nedostatky v rámci celého systému (.pdf, str. 4–5), které se týkají řízení a kontroly. Podle Evropského účetního dvora (.pdf, str. 27) se běžná míra chybovosti pohybuje kolem 2 %. V kategorii Výdaje s vysokým rizikem pak například v roce 2018 odhadovaná míra chyb činila 4,5 % (.pdf, str. 11).

Pro kontext můžeme uvést, že EK se začala zabývat možným střetem zájmů u Andreje Babiše na podzim 2018. V červnu 2019 pak byl do ČR doručen návrh auditní zprávy, podle které byl Andrej Babiš v té době ve střetu zájmů přes dva roky. Zpráva zmiňovala právě i značnou chybovost u projektů Agrofertu. Finální verze této zprávy byla zaslána do ČR v prosinci 2019 a potvrzovala předchozí závěry. Chybovost tehdy Evropská komise v rámci programu Podnikání a inovace u dotací pro projekt Agrofertu vyčíslila dokonce na 96,7 %. Na tato zjištění reagovalo za dotčené úřady Ministerstvo pro místní rozvoj v květnu 2020, přičemž v říjnu tohoto roku ministerstvo obdrželo dopis s reakcí.

Téma aktuálního stavu auditního šetření EK, vztahující se ke střetu zájmů Andreje Babiše, bylo zařazeno na program neveřejné schůze evropského výboru pro rozpočtovou kontrolu, která se konala 30. listopadu 2020 (.pdf, str. 1). K tomuto zasedání se prostřednictvím svého twitterového účtu vyjádřil pirátský europoslanec Mikuláš Peksa, který je v tomto výboru náhradníkem. Zmínil, že ačkoliv je konkrétní obsah informací projednávaných na schůzi důvěrný, Andrej Babiš se nachází ve střetu zájmů a u fondů Agrofertu se objevuje 67% chybovost. Závěry EK o střetu zájmů potvrdil deníku Respekt i europoslanec za KDU-ČSL Tomáš Zdechovský, který je členem zmíněného výboru.

Na závěr shrňme, že 67% chybovost se podle dostupných zdrojů vztahuje ke vzorku dotací v programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, přičemž EK doporučila (.pdf, str. 5) prověrku i ostatních projektů Agrofertu V rámci tohoto programu. Zmíněný audit je zároveň zaměřen pouze na dotace z unijních strukturálních fondů. Audit zaměřený na zemědělské dotace zatím nebyl dokončen.