V září 2017 Marek Hilšer, ve společné diskuzi s Michalem Horáčkem, vyjádřil solidaritu s evropskými zeměmi, do kterých přicházelo nejvíce uprchlíků. Reagoval tak na otázku moderátora diskuze, zda a jakým způsobem je třeba s takovými státy spolupracovat a odpovídat za imigrační krizi společně.
„Jednou z hodnot Evropy jako takové, která vychází i z křesťanství, je to být solidární, pomoc někomu, když je v nouzi. A kdo se této hodnoty zbaví, přestane se mu dobře žít. A my jsme žili v nějakém společenství v EU a všechno šlo dobře, ekonomicky se nám všem poměrně dařilo, pak přišla nějaká ekonomická krize a najednou se tady vyskytl nějaký problém. A my jako ČR jsme najednou řekli: S tím my nic nemáme společného, postavili jsme se do té role kibiců, a vlastně jsme odmítli být solidární. Když se podíváme, jak se zachovaly ostatní státy, když nepočítám třeba Polsko, Maďarsko a Bulharsko, tak většina států EU byla v této otázce solidární. Je třeba se nad tím zamyslet.“
V závěru dodal, že problém s migrací by rozhodně neměl být podceňován. „Měli bychom být solidární s těmi, kdo jsou v nouzi. A to jsou ty státy Evropy, které potřebují pomoc.“ Jako příklad uvádí odmítavý postoj Angely Merkel k uzavření hranic, což ocenil, protože pak by všechny uprchlíci zůstali v Řecku nebo Maďarsku a tyto země by měly velký problém.
Video záznam z diskuze sdílel na svém FB profilu Marek Hilšer na Hrad (čas od 38:20).
Marek Hilšer ve svém programu podporuje integraci EU, nicméně o vztahu k uprchlické krizi se explicitně nevyjadřuje. „Jen necita nepomůže člověku v nouzi. Počty a způsoby pomoci ať vyvstanou z racionální celospolečenské diskuse a vzájemného konsensu.“ ( Prezident 21, názory téma 3).
V rozhovoru z roku 2016 pro server iDNES.cz na otázku, zda by byl pro přijímání uprchlíků, uvádí: „Byl bych pro pomoc státům, které jsou zatíženy. V nějakém počtu, který můžeme zvládnout.“ V prosinci 2017 pak Marek Hilšer vyjadřuje podporu rozhodnutí EU. „Vítám rozhodnutí EU, kterými se bude posilovat zamezování migrace přes Středozemní moře z Libye do Itálie. Budu podporovat, aby se česká vláda na těchto projektech spolupodílela.“