Pro účely vyrovnání majetku státu s církvemi byla ustanovena Komise pro narovnání vztahu mezi státem a církvemi a náboženskými společnostmi. První jednání se uskutečnilo v roce 2007. Vládní komise byla založena jako poradní orgán se šesti členy. Předsedou byl tehdejší ministr kultury Václav Jehlička. Dalšími členy byli ministr financí Kalousek, ministr zemědělství Gandalovič, ministr zahraničních věcí Schwarzenberg, ministryně, v jejíž působnosti jsou lidská práva a národnostní menšiny, Stehlíková a místopředsedkyně Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR Němcová. Jednalo se tedy o zástupce vlády.

Jednání této komise se ale účastnili i zástupci církví, příkladem může být biskup Tomáš Holub (.pdf., str. 2). Církev byla při těchto jednáních zastoupena Církevní komisí.

V roce 2013 pak byla stanovena další expertní komise složená ze zástupců ČSSD, hnutí ANO a představitelů církví za účelem realizace zákona o vyrovnání s církvemi. Činnost této komise byla v roce 2014 ukončena. Církevní komise ukončila svoji činnost 25. března 2014.