Na oficiálních stránkách Jiřího Drahoše je část, která se věnuje přístupu kandidáta k otázce referenda. Můžeme zde najít vyjádření, že „… vždy existují a budou existovat témata, o kterých ani není možné referendum vypsat. V referendu například nelze rozhodovat o základních právech a svobodách občanů.”

Opatrně se Drahoš vyjadřuje také v případě referenda o vystoupení z EU:

„Jsem velmi opatrný, pokud jde o případné referendum o vystoupení z EU. A připojuji jeden konkrétní argument. V hlasování před pouhými 14 lety se pro vstup do EU vyslovilo 77 % zúčastněných voličů. Vstupnímu referendu předcházelo mnohaleté období příprav a intenzivních jednání, byly známy i zkušenosti zemí, které do EU vstoupily před námi. Proto je možné považovat konečné rozhodnutí za velmi kvalifikované. Dnes ale není vystoupení z EU tématem, o kterém by se vedla soustavná celospolečenská debata. Jen ta přitom může přinést informace nezbytné pro pochopení problematiky v celé její šíři. Hlavní slovo dnes bohužel nemají fakta, ale politické emoce a často i cílené dezinformace. To je přesně ta situace, kdy o budoucím směřování země podle mě není správné rozhodovat v referendu.”

Zároveň však dodává, že by dodržel ústavu v případě, že by parlament přijal zákon o referendu o vystoupení z EU.