Pronásledování církví za dob komunismu získalo největší spád v 50. letech minulého století. Asi nejznámější akt z této doby je Akce K, která měla za úkol násilnou likvidaci klášterů a katolických mužských řeholních řádů. Dále stojí za zmínku také Akce Ř neboli likvidace ženských klášterů. Řada řeholníků skončila ve vězení, nebo byli odvezeni do tzv. „internačních táborů“, kde s nimi bylo nakládáno velmi nehumánním způsobem.
Známé je také umučení faráře Toufara, jemuž se během kázání měl za zády pohnout kříž na zdi (tzv. číhošťský zázrak). Do povědomí se dostal i případ kardinála Josefa Berana, jenž byl neustále pronásledován StB, která se na něj snažila získat kompromitující materiály.