Poprvé Policie ČR žádala Poslaneckou sněmovnu o vydání Andreje Babiše a Jaroslava Faltýnka k trestnímu stíhání v srpnu roku 2017. Hned následující měsíc poslanci vydání obou politiků (Babiš, Faltýnek) odhlasovali. Celý proces se opakoval po volbách do Poslanecké sněmovny v termínu 20. – 21. října 2017, kdy oba zmínění politici obhájili svůj mandát. O jejich vydání se podruhé hlasovalo v lednu 2018 (Babiš, Faltýnek).

Státní zástupce Jaroslav Šaroch na jaře 2018 rozhodl o stížnostech proti usnesení o zahájení trestního stíhání. V případě Jaroslava Faltýnka a dalších tří osob se rozhodl žádosti vyhovět a stíhání zastavit. Stížnost Andreje Babiše byla zamítnuta jako nedůvodná. V březnu 2019 policie ukončila vyšetřování v kauze Čapí hnízdo a předala spis státnímu zastupitelství v Praze.

Mluvčí pražských státních zástupců Aleš Cimbala dne 2. září 2019 v reportáži ČT24 uvedl, že státní zástupce Šaroch změnil názor v kauze Čapí hnízdo. Podle informací Deníku N se rozhodl trestní stíhání Andreje Babiše zastavit. Toto rozhodnutí bude ještě prověřovat vedoucí státní zástupce, který slovy mluvčího Cimbaly „bude mimo jiné zkoumat důvodnost a zákonnost daného rozhodnutí. Jelikož dozorový státní zástupce došel ke změně právního názoru na posouzení daně věci, bude se státní zástupce zabývat tím, jestli je tato změna dostatečně odůvodněná a důvodná.“

O změně názoru Jaroslava Šarocha hovoří i vedoucí státní zástupce Martin Erazím. Ve svém vyjádření pro Českou televizi uvedl: „Dozorový státní zástupce odůvodnil své rozhodnutí jiným právním postojem k podstatné okolnosti trestní věci, než jaký dlouhodobě zastával v dosavadním výkonu dozoru.“