Mezi orgány činné v trestním řízení řadíme podle trestního zákoníku soudy, státní zastupitelství a policejní orgán. Prvním stádiem trestního řízení je přípravné řízení. Jeho hlavním smyslem je prověřit podezření ze spáchání trestného činu a získat dostatek důkazů pro podání obžaloby k soudu. Vyšetřování trestných činů provádí policejní orgán za dozoru státního zástupce.

Tento dozor spočívá hlavně v kontrolní činnosti policejních orgánů v rámci celého trestního řízení. Státní zástupce je tak oprávněn například vydávat závazné pokyny pro vyšetřování, vyžadovat od policie různé materiály a osobně provádět určité úkony během vyšetřování. Pokud není spokojen s výsledky práce, může věc přidělit k řešení jiné osobě v rámci policejního orgánu, nebo i zcela jinému policejnímu orgánu.

Podle zákona o státním zastupitelství zde fungují vztahy nadřízenosti a podřízenosti jak horizontálně, tak vertikálně. Soustavu státního zastupitelství tvoří Nejvyšší státní zastupitelství, vrchní státní zastupitelství, krajská státní zastupitelství a okresní státní zastupitelství. Soustava je založena na systému nadřízenosti a podřízenosti jednotlivých stupňů, kdy jsou nižší stupně přímo podřízeny vždy bezprostředně vyššímu stupni. V čele každého státního zastupitelství stojí vedoucí státní zástupce a ostatní státní zástupci jsou mu podřízeni.

Nejvyšší státní zastupitelství vykonává dohled nad celou soustavou státního zastupitelství. Všechny nižší stupně jsou povinny mu na jeho žádost poskytnout patřičnou součinnost. Zasahovat do samotného procesu vyřizování věcí smí ovšem pouze v případě vrchního státního zastupitelství. Nejvyšší státní zástupce však může, mimo jiné, provádět kontrolu již skončených věcí, a to napříč všemi stupni.

Kontrola skončené věci se může dotýkat kterékoliv trestní i mimotrestní oblasti. Předpokladem kontroly je skončení věci. Tedy vydání pravomocného rozhodnutí, proti kterému už nelze podat žádný opravný prostředek, nebo vyřízení věci jiným konečným způsobem. Hlavním smyslem kontroly je posouzení, zda nedošlo k pochybení a nemělo by dojít k obnovení řízení. Pokud nejvyšší státní zástupce pochybení odhalí, rozhodne o opatřeních vedoucích k nápravě.