Ve věci možného střetu zájmů Andreje Babiše byly provedeny Evropskou komisí již dva audity. Výsledek prvního auditu byl zveřejněn v prosinci 2019. Audit, jehož šetření probíhalo počátkem roku 2019, potvrdil existenci střetu zájmů premiéra Babiše, který dle auditorů nadále ovládá holding Agrofert. Podle závěru šetření firmy spojené s osobou Andreje Babiše získaly neoprávněně 285 milionů korun, přičemž premiér Babiš podle auditorů přímo porušoval ustanovení zákona o střetu zájmů.

Druhý audit, který byl vypracován v lednu tohoto roku, se týkal zemědělských dotací. I tento audit dospěl k závěru, že Andrej Babiš je ve střetu zájmů z důvodu trvajících přímých i nepřímých vazeb na svěřenské fondy firem Agrofert a SynBiol. Odpověď pak Ministerstvo pro místní rozvoj odeslalo i z důvodu koronavirové krize až v květnu 2020.

Sám Andrej Babiš jakýkoliv svůj možný střet zájmů odmítá. „Na žádném procesu k auditům se nepodílím a na rozdíl od novinářů napojených na auditory v Bruselu nemám žádné nové informace. Platí, že jsem zcela vyhověl českému zákonu lex Babiš, který byl účelově přijat jen kvůli mojí osobě. Proto nejsem a ani nemůžu být v žádném střetu zájmů,“ reagoval na audit EU Andrej Babiš. Ani jeden z auditů nebyl plně zveřejněn vládou ani Ministerstvem pro místní rozvoj.

Na základě auditních šetření byly pozastaveny zemědělské dotace pro holding Agrofert ve výši 6,3 milionů korun. V reakci na rozhodnutí Evropské komise se vláda rozhodla podat žalobu, ačkoliv byly nakonec všechny projekty, vyjma jednoho, proplaceny. Tuto žalobu z února 2020 se ovšem vláda rozhodla v květnu stáhnout a nahradila ji novou žalobou. Na konečné rozhodnutí se zatím stále čeká.