Otázkou střetu zájmů u Andreje Babiše se začala Evropská komise (EK) zabývat na podzim 2018. Od začátku roku 2019 pak probíhalo auditní šetření, které bylo zaměřeno na kontrolu dotací pro podniky holdingu Agrofert. Předběžnou verzi auditní zprávy obdržela ČR v červnu, závěrečnou v prosinci roku 2019. Obě zprávy uváděly stejný závěr, tedy že se Andrej Babiš nachází ve střetu zájmů. Za české úřady tyto závěry rozporovalo Ministerstvo pro místní rozvoj. Stejně jako u Andreje Babiše byla argumentace postavena zejména na tvrzení, že střet zájmů byl vyřešen převedením Agrofertu do svěřenských fondů.

Zatím poslední reakcí Bruselu je dopis z října 2020, který obsahuje stejný závěr jako předchozí audit. Pro úplnost uveďme, že tato zjištění se prozatím týkají pouze dotací ze strukturálních fondů, přičemž možný střet zájmů u Andreje Babiše je řešen i v souvislosti se zemědělskými fondy. Ačkoliv také v této oblasti byl střet zájmů předběžnými závěry potvrzen, finální výsledky se očekávají v prvních měsících příštího roku. 

Říjnový dopis byl zveřejněn serverem iRozhlas.cz a jeho první strany se věnují hodnocení a shrnutí dřívějších zjištění a reakci na české argumenty. EK opakovaně uvádí, že současnou situaci by vyřešilo, pokud by v souvislosti s holdingem Agrofert byla řádně uplatňována ustanovení českého zákona o střetu zájmů (.pdf, str. 4). Konkrétně je zde zmiňován § 4c, podle kterého je od září 2017 zakázáno poskytnout dotaci obchodní společnosti, ve které veřejný funkcionář, nebo jím ovládaná osoba, vlastní alespoň 25 %. 

Zpráva dále uvádí, že řídící orgán (.pdf, str. 6), kterým je v tomto případě Ministerstvo průmyslu a obchodu, by měl z programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost vyjmout dotčené projekty, a pokud tak neučiní, je třeba konkrétně dokládat každou žádost o platbu. EK dále žádá, aby ministerstvo prověřilo všechny dotační projekty spojené s Agrofertem z důvodu chybovosti (.pdf, str. 5) a o tomto průběhu je informovalo. Průběžné podávání informací je požadováno i ohledně doposud nevyřešených opatření a doporučení, které EK navrhovala dříve (.pdf, str. 5, 7).

Obdobné závěry a doporučení se objevily už v původním návrhu auditní zprávy, který byl zveřejněn serverem Aktuálně.cz. Byl zde uveden taktéž důraz na řádné uplatňování české i unijní legislativy (.pdf, str. 66–67), která se vztahuje ke střetu zájmů, či na zlepšení řídícího a kontrolního systému.

Co se týče unijní legislativy, podle zjištění EK Andrej Babiš porušuje finanční nařízení, které začalo platit v srpnu 2018. Konkrétně se jedná o článek 61, podle kterého je vyžadováno, aby se daný činitel zdržoval jakéhokoliv jednání, které by mohlo uvést jeho zájmy „do střetu se zájmy Unie“. Pokud k takové situaci ovšem dojde, příslušný vnitrostátní orgán by měl zajistit, aby daný činitel svou činnost ukončil (.pdf, str. 3) a „aby byly učiněny veškeré další vhodné kroky v souladu s platným právem“.

Ze zveřejněných dokumentů je patrné, že převedení Agrofertu do svěřenských fondů EK nepovažuje za dostatečné řešení střetu zájmů a nadále opakuje nutnost řádného uplatňování stávající legislativy. Jedná se zejména o český zákon o střetu zájmů a evropské nařízení o střetu zájmů. Zároveň je ze strany EK zdůrazňována nutnost projednávání budoucích kroků, které se týkají nedostatků a chyb zjištěných při auditu.