Původní rozpočet Ministerstva obrany na rok 2020 byl stanoven na 75,5 miliard korun (.pdf, str. 6). Novelou zákona o státním rozpočtu na rok 2020 (.pdf), která byla Poslanecké sněmovně předložena 23. března 2020, byl však původní rozpočet upraven. Novelou se již na konci března 2020 částka 75,5 miliard korun snížila (.pdf, str. 1) na přibližně 72,6 miliardy korun. Kvůli koronavirové krizi ministerstvo s navrácením 2,9 miliardy korun do státní pokladny souhlasilo.

Vládní návrh zákona o státním rozpočtu ČR na rok 2021 původně počítal s výdaji na obranu ve výši cca 85,4 miliardy korun (.pdf, str. 14). V rámci svého pozměňovacího návrhu č. 6915 (.doc) však Miloslava Vostrá (KSČM) navrhla snížit rozpočet na obranu o 10 miliard a tuto částku přesunout do rozpočtové rezervy. Poslanecká sněmovna tento pozměňovací návrh schválila. Ministerstvo obrany tak dle schváleného rozpočtu dostalo k dispozici 75,4 mld. Kč.

18. prosince 2020 poslanci schválili státní rozpočet na rok 2021 se schodkem 320 miliard korun. Pro rozpočet menšinové vlády ČSSD a ANO hlasovala i KSČM, která svoji podporu podmínila odebráním deseti miliard korun z rozpočtu Ministerstva obrany. „Peníze tam přesuneme a předpokládám, že v lednu je tam vrátíme,“ ujišťoval hned po schválení rozpočtu premiér Andrej Babiš.

27. ledna 2021 bylo z vládní rozpočtové rezervy do rozpočtu Ministerstva obrany skutečně převedeno prvních 5 miliard, čímž se navýšil na 80,4 miliardy korun. Návrat zbylých pěti miliard vláda schválila až 29. března 2021. Materiál na zvýšení výdajů státního rozpočtu v kapitole obrany předložil (.doc, str. 5) ministr obrany Lubomír Metnar. Ten předtím opakovaně uvedl, že pokud by se na armádě šetřilo, podá demisi.