Audit, který v souvislosti s monitorovacím systémem evropských fondů proběhl na Ministerstvu pro místní rozvoj, byl vypracován na žádost Evropské komise. Audit měl na starosti tým z Ministerstva financí, který skutečně odhalil pochybení v zakázce.
V době, kdy Ministerstvo financí poskytlo Evropské komisi zmiňovanou auditní zprávu, jej řídil Andrej Babiš. Lukáš Wagenknecht tehdy zastával pozici prvního náměstka ministra financí a měl audit na Ministerstvu pro místní rozvoj na starost. Jelikož o vypracování auditu MF požádala oficiální cestou Evropská komise, a ministr Babiš tak o auditu samotném měl informace, je obvinění Lukáše Wagenknechta značně problematické.
Tehdejší ministryně pro místní rozvoj Karla Šlechtová závěry auditu zpochybnila, nicméně Lukáš Wagenknecht uvedl, že audit byl realizován podle zákona, podle mezinárodních auditních standardů a pokynů Evropské komise.
Na základě auditní zprávy zpracované Ministerstvem financí Evropská komise 14. října 2015 informovala o pozastavení proplácení některých projektů až do skončení policejního vyšetřování. Zároveň tehdy také odložila rozhodnutí o výši částky, kterou České republice neproplatí. Vláda nicméně obratem rozhodla (.pdf) o proplacení monitorovacího systému ze státního rozpočtu. Stát ve výsledku přišel o cca 820 milionů korun.
Policie vyšetřování zakázky na monitorovací systém evropských dotací na počátku roku 2019 odložila s tím, že se žádný trestný čin nestal. S tím byla Komise seznámena a v důsledku uplatnila 25% korekci kvůli chybám, které se v rámci zadání zakázky staly.
Kromě Policie ČR a Evropské komise se IT zakázkou na Ministerstvu pro místní rozvoj zabýval také Úřad pro ochranu hospodářské soutěže (ÚOHS). Antimonopolní úřad již na konci roku 2015 uložil ministerstvu stotisícovou pokutu za chyby v zakázce, také však rozhodl, že nenašel důkazy o kartelové dohodě. Pokuta byla následně snížena na 50 tisíc korun.
Ministryně Dostálová má tedy pravdu v tom, že případ zakázky na monitorovací systém evropských fondů prověřovala Police ČR, antimonopolní úřad i Evropská komise. Ze závěrů Policie plyne, že k žádnému trestnému činu nedošlo. Není však pravda, že by Lukáš Wagenknecht „nabonzoval“ Česko v Bruselu. O provedení auditu požádala Evropská komise, a to s vědomím dnešního premiéra Babiše.