Miloš Zeman svůj odpor například ke jmenování Jana Lipavského zdůvodňoval nedostatečným vzděláním.
V roce 2021 tehdejší prezident Miloš Zeman zveřejnil prohlášení, ve kterém odmítnutí jmenovat Jana Lipavského ministrem zahraničních věcí zdůvodnil nízkou kvalifikací Lipavského, jeho postojem ke spolupráci s Izraelem a visegrádskou čtyřkou a postojem k sudetským Němcům.
Prezident Petr Pavel v rozhovoru odpovídá na dotaz, zda nezklamal své voliče tím, že stejně jako exprezident Miloš Zeman odmítá jmenovat ministrem kandidáta, kterého mu předložil premiér. Podle slov Petra Pavla se jeho jednání od toho Zemanova liší. Jako příklad uvádí případ Jana Lipavského, ke kterému měl podle něj Zeman výhrady kvůli jeho vzdělání. Později Pavel v odpovědi dodává, že u Filipa Turka nezpochybňuje jeho vzdělání a odbornost, ale jeho „základní hodnotové nastavení“.
Petr Pavel od říjnových voleb odmítá jmenovat Filipa Turka ministrem. Názor nezměnil ani po prosincové schůzce, na které Turek před prezidentem mj. obhajoval své kauzy. Premiér Andrej Babiš později Pavlovi předal Turkovu nominaci na ministra životního prostředí. Pavel následně Babišovi poslal dopis, ve kterém vysvětlil, proč se rozhodl Turka nejmenovat. Jako jeden z důvodů např. uvedl, že Turek opakovaně adoroval nacistický režim (.pdf, str. 2). Souhrnně své rozhodnutí zdůvodňoval Turkovým nedostatkem respektu k „fundamentálním principům a hodnotám“ ústavního řádu republiky, jako je vůle k „dodržování právního řádu“ (.pdf, str. 2).
Případ, který Petr Pavel zmiňuje, se odehrál po parlamentních volbách v roce 2021 v době, kdy vládu sestavoval Petr Fiala (ODS). Tehdejší prezident Miloš Zeman poprvé oficiálně vyjádřil výhrady ke jmenování Jana Lipavského (tehdy Piráti, dnes za ODS) ministrem zahraničních věcí 10. prosince 2021. O jeho neochotě Lipavského jmenovat a o snaze přesvědčit jej, aby se kandidatury vzdal, se nicméně spekulovalo už dříve. V prohlášení Hradu prezident Zeman uvedl jako překážku ke jmenování celkem čtyři důvody. Prvním z nich byla právě nízká kvalifikace Jana Lipavského.
Tehdejší kandidát na post ministra zahraničí získal bakalářský titul na Institutu mezinárodních studií Fakulty sociálních věd Univerzity Karlovy v Praze. Na webu Hradu se objevilo tvrzení, že oproti ostatním kandidátům „pan Lipavský absolvoval pouze bakalářské studium a podle týdeníku Euro jeho závěrečná bakalářská práce byla hodnocena nejhorší možnou známkou“. Média později v reakci na tento argument upozorňovala na to, že Zeman ministrem dříve bez výhrad jmenoval mimo jiné i tehdy končícího vicepremiéra Jana Hamáčka, přestože měl pouze středoškolské vzdělání zakončené maturitou.
Jako další překážky jmenování Lipavského Hrad zmínil jeho rezervovaný postoj ke spolupráci v rámci visegrádské čtyřky (V4) a k podpoře Izraele. Sám Lipavský tehdy popřel, že by spolupráci s Izraelem nebo V4 odmítal. Posledním faktorem zmíněným ve vyjádření Hradu byl postoj Lipavského k sudetským Němcům. Prezidentu Zemanovi dle prohlášení vadil údajný veřejný návrh Lipavského přesunout konání Sudetoněmeckých dnů do Prahy. Nic takového Lipavský ovšem přímo nenavrhl, pouze tuto možnost, kterou dříve zmiňoval někdejší německý ministr vnitra Horst Seehofer, označil za „krásné gesto“.
Petr Fiala se spolu s koaličními partnery za Lipavského postavil a nominaci změnit odmítl. Vznikající kabinet se shodl na nutnosti podat na Zemana kvůli jeho rozhodnutí kompetenční žalobu. Na tu nicméně nakonec nedošlo, protože Miloš Zeman ustoupil a navržené ministry včetně Lipavského v polovině prosince 2021 jmenoval. V pořadu Partie Terezie Tománkové své konečné rozhodnutí Jana Lipavského jmenovat zdůvodnil osobní garancí Petra Fialy, že bude nový ministr vést diplomacii v souladu s programovým prohlášením vlády.
V prosinci 2021 během prezidentského období Miloše Zemana vyvěsil Hrad na svých webových stránkách výhrady vůči jmenování tehdejšího kandidáta na post ministra zahraničních věcí Jana Lipavského. Mezi nimi byla jako první uvedena nízká kvalifikace Lipavského, dále pak jeho postoj ke spolupráci s Izraelem a visegrádskou čtyřkou a přístup k sudetským Němcům. V seznamu výhrad Miloš Zeman neuváděl, že by podle něj Lipavský neměl respekt k základním hodnotám ústavního řádu republiky, čímž argumentuje Petr Pavel v případě Filipa Turka. Výrok Petra Pavla hodnotíme jako pravdivý.
