Debaty o povinném očkování se v České republice vedly v letech 2009 a 2010, kdy svět zasáhla pandemie tzv. prasečí chřipky způsobené virem H1N1. Tehdy se hovořilo o zavedení této povinnosti pro celkem 200 tisíc lidí důležitých pro chod státu, tedy například pro vojáky, policisty, hasiče či zdravotníky.
Právě někteří zdravotníci v té době nicméně s očkováním nesouhlasili (.pdf). Poukazovali při tom především na to, že společnost, která měla vakcínu proti viru H1N1 dodat, „si smluvně zajistila, že neponese žádnou odpovědnost za nežádoucí účinky vakcíny“, což tehdy prezident České lékařské komory Milan Kubek označil za nepochopitelné. Ministerstvo zdravotnictví však zdravotníky ujišťovalo, že se v České republice bude očkovat plně prověřenou a registrovanou vakcínou.
I přesto však proti povinnosti vakcinace kromě lékařů protestovali někteří poslanci a další odborníci. Mezi nimi například profesorka trestního práva na Právnické fakultě Univerzity Karlovy Dagmar Císařová. Ta poukazovala na to, že vynucení očkování, a to i u osob důležitých pro chod státu, by bylo v rozporu s Úmluvou o lidských právech a biomedicíně. Podle čl. 5 této úmluvy je totiž možné provést jakýkoli zákrok v oblasti péče o zdraví, pouze pokud k němu dá daná osoba svobodný a informovaný souhlas. K možnosti očkování odmítnout Dagmar Císařová uvedla: „Je to součást lidských práv. Pokud by se jich někdo chtěl domoci, může jít přes správní soudnictví až k Ústavnímu soudu, případně k soudu pro lidská práva ve Štrasburku.“
Úmluva o lidských právech a biomedicíně také v čl. 26 uvádí, že výkon některých práv v ní obsažených může být omezen, pokud se jedná o omezení, „která stanoví zákon“ a která jsou nezbytná například v zájmu ochrany veřejného zdraví.
Základem pro některá povinná očkování je v České republice vyhláška č. 537/2006, o očkování proti infekčním nemocem, vydaná Ministerstvem zdravotnictví. Ta už nyní například ukládá povinnost nechat se očkovat proti hepatitidě B pro některé zdravotníky či zaměstnance domovů pro seniory apod. K zavedení povinného očkování proti covidu-19 by tak mohlo dojít změnou této vyhlášky. Pravomoc MZČR vydávat tyto vyhlášky vychází ze zákona o ochraně veřejného zdraví, v tomto případě konkrétně z § 108 odst. 1.
Doplňme, že k zavedení povinnosti nechat se očkovat proti prasečí chřipce nakonec nedošlo, výjimkou bylo pouze očkování některých vojáků (.pdf, str. 51). Celkově se pak proti viru H1N1 nechalo v ČR naočkovat přibližně jen 70 tisíc lidí.
V roce 2010 Ministerstvo zdravotnictví uvádělo, že pokud by osoba povinné očkování odmítla, jednalo by se o přestupek, za který by hrozila pokuta až 10 tisíc korun. O možné pokutě až 15 tisíc korun za neuposlechnutí rozkazu pak hovořili někteří vojáci. Uveďme také, že dle zákoníku práce je každý zaměstnanec povinen podrobit se očkování, které stanovují další právní předpisy. Odmítnutí tohoto povinného očkování poté může být důvodem výpovědi z pracovního poměru.