V oblasti zdravotních a hygienických ústavů proběhla restrukturalizace, jež má svůj počátek v roce 2008 a dokončena byla v dubnu 2012.
Vláda podnikala kroky k zefektivnění fungování státní správy a záreveň kroky ke snižování počtu zaměstnanců státní správy, pod kterou oblast Státního zdravotního ústavu, zdravotních ústavů a hygienických stanic spadají. Tehdejší ministryně zdravotnictví Dana Jurásková se snižováním počtu úvazků zabývala ve své reakci na interpelaci poslance Ludvíka Hovorky (KDU-ČSL) dne 28. ledna 2010 (tedy v minulém volebním období). Zdravotní ústavy měly projít procesem slučování, přičemž mělo dojít postupně ke snížení pracovních úvazků. (Stenozáznam 67. schůze Poslanecké sněmovny ČR ze dne 28. ledna 2010)
Zákon stanovující sloučení zdravotních ústavů do (pouhých) dvou krajských měst, Ústí nad Labem a Ostravy, tedy zákon č. 115/2012 Sb., kterým se mění zákon č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, byl vyhlášen 6. dubna 2012. Tímto zákonem bylo zrušeno 12 pracovišť zdravotních ústavů, přičemž tato pracoviště ztratila statut svébytných zdravotních ústavů, avšak reálně nadále existují a provozují svou činnost stejně tak, jako před jejich zrušením, ale pod hlavičkou jednoho ze dvou zachovaných zdravotních ústavů. (Stránky Ministerstva zdravotnictví ČR)
Reálný příklad průběhu restrukturalizace zdravotních ústavů demonstruje na svých stránkách Zdravotí ústav v Ostravě:
" Od roku 2008 začalo Ministerstvo zdravotnictví České republiky realizovat postupné kroky k zefektivnění hospodaření a ekonomických procesů v přímo řízených organizacích. V této souvislosti byl zahájen proces restrukturalizace Zdravotních ústavů, jehož cílem je zefektivnění činnosti sítě Zdravotních ústavů, a to především redukcí jejich počtu a koncentrací odborných, technických i personálních zdrojů. Proces restrukturalizace má vést k významným úsporám.
V rámci tohoto procesu došlo k převzetí výkonu odborných činností hygienických laboratoří a pracovnělékařské péče, které 30.6.2009 poskytovaly ZÚ Olomouc a ZÚ Zlín. Tyto činnosti jsou nadále provozovány ve stávajících lokalitách. " (Zdravotní ústav v Ostravě, dostupné na stránkách ZÚ v Ostravě)
Stran financování zdravotních ústavů ministryně Jurásková uvedla na 77. schůzi Poslanecké sněmovny ČR vývoj státních příspěvků zdravotním ústavům: "Jen pro ukázku přehled příspěvků zřizovatele ke krytí ztráty poskytnutých zdravotním ústavům. V roce 2003 573 mil. korun, v roce 2004 594 mil. v roce 2005 582 mil. Zaokrouhluji nahoru. 2006 - téměř 600 mil., 2007 - 575 mil., v roce 2008 - 43 mil. a v roce 2009 8 mil. korun." (Stenozáznam 77. schůze Poslanecké sněmovny ČR ze dne 18. března 2010)
Ministerstvo zdravotnictví na svých stránkách neuvádí, jaké prostředky rozdělilo mezi zdravotní úřady, a zdravotní ústavy v Ostravě a v Ústí nad Labem publikují data (výroční zprávy) pouze do roku 2010 (přičemž ZÚ v Ostravě ve výroční zprávě neuvádí žádná data o finančních prostředcích). Nicméně z trendu nastíněného bývalou ministryní Juráskouvou je zřejmé, že se státní příspěvky řídí trendem výrazného snižování.
