D3 v jižních Čechách neblokoval ani jeden ekologický spolek.
Mezi aktuální problémy dostavby dálnice D3 od Českých Budějovic až k rakouským hranicím patří zastaralý posudek vlivu na životní prostředí (tzv. EIA). Hrozí, že se bude muset vypracovat zcela nový posudek podle aktuální novely. Pokud by k tomu došlo, prodloužila by se doba výstavby tohoto úseku minimálně o 2 roky.
Důvodem pro vypracování nového posudku je to, že projekt výstavby dálnice je založen na posudku z roku 1992. Pokud chce ČR na stavbu dálnice čerpat dotace z EU, musí být vytvořen nový, který platí od roku 2015. Podle ministra dopravy Ťoka je zprůjezdnění celé dálnice D3 naplánováno do roku 2025.
