Korupce byla skutečně jedním z problémů České republiky při čerpání peněz z evropských fondů. Česká televize uvádí, že resorty životního prostředí a školství mají s čerpáním dotací největší problémy. V programovém období 2007 – 2013 muselo Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (MŠMT) vysvětlovat Evropské komisi svoje nakládání s evropskými dotacemi. Denní zpravodajství o veřejných zakázkách vz24 o zprávě, kterou vydali auditoři EU, uvádí následující:

"Zpráva obsahuje pochybnosti týkající se správy fondů EU českými úřady i způsob kontroly využívání unijních prostředků. Výtky směřovaly mimo jiné k tomu, že auditoři nebyli dostatečně nezávislí, i k tomu, zda vzhledem k množství chyb řídicí systém správy peněz funguje, jak má."

Platby dotace z EU ve výši 1,2 miliardy Kč byly MŠMT v lednu 2012 kvůli špatnému čerpání pozastaveny. Server vz24 uvedl, že ministerstvo školství má problémy s čerpáním z EU dlouhodobě a peníze byly ČR zastaveny poté, co Evropské komise našla v roce 2011 chyby v zadávání veřejných zakázek. Na konci roku 2012 byly platby obnoveny, MŠMT však přišlo o 762 milionů korun kvůli finanční korekci.

V pořádku nebyly například projekty SPORT a OKNO. Portál Hospodářských novin IHNED.cz ve svém článku poukazuje, že Bruselu vadila nejasnost peněžních toků. U žádného z projektů nebyla zajištěna účinnost a projekty byly samy o sobě podezřelé. Projekt okno měl totiž prostřednictvím letáků v tisku vzdělávat lidi ve finanční gramotnosti a projekt SPORT měl skrze vzdělávací televizní pořady přivést českou mládež ke sportu. Brusel znepokojovalo úzké propojení projektů s médii a PR agenturami.