V minulé finanční perspektivě Evropské unie (pro roky 2007-2014) byla kontrola skutečně svěřena do rukou ministerstva financí. Stránky ministerstva pro místní rozvoj uvádí ohledně řízení fondů EU následující: " Centrální harmonizační jednotka pro finanční kontrolu fungující v rámci Ministerstva financí centrálně odpovídá za provádění auditů k ověření účinného fungování řídícího a kontrolního systému realizace podpory z fondů EU. " V tomto období také působil Miroslav Kalousek jako ministr financí, nejprve ve druhé vládě Mirka Topolánka a posléze ve vládě Petra Nečase. Pokud jde o chybnou roli ministerstva financí, Ondřej Liška odkazuje na poslední audit Evropské komise, který prokázal pochybení ze strany krajů i kontroly samotného ministerstva, což připustil i Miroslav Kalousek. Odpovědnost podle něj však nesly regionální rady.