Podle zdravotnické statistiky (.pdf, str. 15) Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR z roku 2013 bylo ke konci analyzovaného roku v České republice 156 nemocnic akutní péče, z nichž bylo 10 fakultních, a 32 nemocnic následné péče. Z celkového počtu 56 807 lůžek představovalo 13 177 lůžek fakultních nemocnic 23,2 %. Ačkoliv údaje nejsou již úplně aktuální, je z nich patrné, že fakultní nemocnice opravdu představují jen menší část systému.

Fakultní nemocnice zároveň podle webu Ministerstva zdravotnictví patří mezi organizace v jeho přímé působnosti. Patří tak do kategorie nemocnicí, přímo řízených státem, kam se kromě nich řadí ještě IKEM, Úrazová nemocnice Brno a Ústřední vojenská nemocnice. Další kategorie, kde je vliv ministerstva menší, jsou nemocnice řízené krajem, nemocnice obecní a městské, a nemocnice zřizované dalšími právnickými subjekty.