Od ledna 2014, kdy se stal Andrej Babiš ministrem financí došlo v čele obou úřadů ke změnám. Už na konci dubna 2014 rezignoval na svůj post generálního ředitele finanční správy Jan Knížek. Řízením byl pověřen Jiří Žežulka. Ještě na podzim však došlo k další změně, ředitelem Generálního finančního ředitelství se stal Martin Janeček.

V červenci 2014 podal generální ředitel Generálního ředitelství cel Pavel Novotný žádost o propuštění ze služebního poměru. Vedením celní správy byl na základě výběrového řízení pověřen Petr Kašpar. Ten ovšem vydržel ve funkci pouze zhruba rok a půl. Poté, co byl v květnu tohoto roku protimafiánským útvarem zatčen jeden z jeho podřízených Kašpar, rezignoval. Dle oficiální zprávy Ministerstva financí odstoupil ze zdravotních důvodů.

Změny ani na jedné z institucí nepodléhaly mediální debatě mezi jednotlivými stranami koalice, jako je tomu aktuálně v případě změn ve strukturách Policie ČR.