Existuje Kontrolní a rozhodčí komise, k té se může dostat věc nějakého pochybení, myslím že asi dva členi historicky pozbyli členství za asi za osm let na základě rozhodnutí Komise a někteří odešli.
Rozhodčí komise České pirátské strany rozhoduje na návrh kontrolní komise a mezi náplň její práce patří i rozhodování o vyloučení členů strany. Podle informací dostupných ve svodce rozhodčí komise a evidenci rozhodčích řízení došlo dosud na základě rozhodnutí této komise k vyloučení jednoho člena, a to podle rozhodčího nálezu z roku 2016, kterým se za podvodné jednání vyloučil Tomáš Laštůvka. V současné chvíli se rozhodčí komise zabývá návrhem na vyloučení Lukáše Nového pro způsobení úmyslné závažné újmy jinému členovi.
