Nejprve si vymezme pojem retroaktivity. Jedna ze základních právních zásad zní, že právní norma (kupříkladu zákon) upravuje pouze ty vztahy, které vznikly až po nabytí její účinnosti. Retroaktivitou se pak označuje situace, kdy právní norma upravuje i ty vztahy, které vznikly před její účinností. Rozlišujeme pravou retroaktivitu, kdy norma působí zpětně i na vznik vztahu a nároky z něj, a nepravou retroaktivitu, kdy norma působí na vztahy pouze po nabytí své účinnosti.

Právě retroaktivita se stala jedním z problematických bodů návrhu poslanců KSČM, který pozměňuje zákon o církevních restitucích. Podle zákona o církevních restitucích mají výslovně jmenované církve po uzavření smlouvy se státem nárok na vyplacení určité peněžité částky jako náhrady za křivdy spáchané komunistickým režimem. Celková částka činí 59 miliard korun. Smlouvy vláda s církvemi uzavřela hned v roce 2013.

Zákon nabyl účinnosti 1. ledna 2013 a výslovně vylučuje zdanění těchto peněžitých částek. Návrh poslanců KSČM však navrhuje daný odstavec vypustit (.pdf, str. 1). Tím by však došlo k situaci, že by peněžité částky přiznané zákonem z 1. ledna 2013 byly podle nového znění zdaněny, čímž by došlo ke zpětnému působení zákona na nároky, které vznikly již před nabytím jeho účinnosti. Došlo by tedy k pravé retroaktivitě. Návrh zároveň ani neobsahuje přechodné ustanovení, které se běžně užívá právě k úpravě vztahů vzniklých před nabytím zákona.

Na možný rozpor návrhu s retroaktivitou upozornil již v červenci 2016 mj. i tehdejší premiér Bohuslav Sobotka. Ke stejnému závěru došla i vláda ve svém stanovisku (.docx) z 10. ledna 2018.

„Vláda si je vědoma rizika, že navržené řešení může být napadeno u Ústavního soudu s ohledem na možný zásah do legitimního očekávání církví a náboženských společností, že jim bude stanovená finanční náhrada vyplacena, aniž by tento příjem byl dodatečně snížen o daňovou povinnost, nicméně vzhledem k pochybnostem o použitém způsobu výpočtu a výši finančních náhrad považuje návrh zákona za věcně správný.“

Vláda tak sice upozorňuje na možnou retroaktivitu a případné napadení zákona u Ústavního soudu, nicméně k návrhu vydala souhlasné stanovisko.