Jeho rodina je celá nemocná (Babišova - pozn. Demagog.cz), aby se vyhýbala jakýmkoliv výslechům a podobným věcem.
V kauze Čapí hnízdo byli kromě Andreje Babiše obviněnitaké Babišova nynější manželka Monika Babišová, Babišovy děti Adriana Bobeková a Andrej Babiš a švagr premiéra v demisi Martin Herodes. Všichni z nich převzali oznámení o zahájení trestního stíhání a podali proti němu stížnost.
Obě děti Andreje Babiše se ještě před zahájením trestního stíhání omluvily z výslechu na policii kvůli vážným osobním důvodům, Monika Babišová se nemohla dostavit vzhledem k tomu, že měla dva dny před svatbou s Andrejem Babišem. Vrchní státní zástupkyně Lenka Bradáčová již v červnu 2017 vyjádřila ke kauze Čapí hnízdo: „(…)Lze zaznamenat procesní neochotu k součinnosti ze stran některých privátních subjektů, která zpomaluje postup řízení.“
V lednu 2018 byla Monika Babišová podle svého manžela dva týdny v nemocnici se zánětem slinivky, a tak nemohla jít volit v prvním kole prezidentských voleb. Druhého kola se ale již zúčastnila. Ve stejné době předložily Babišovy děti lékařské posudky, podle nichž nejsou schopny se ze zdravotních důvodů účastnit trestního řízení.
Byť se obvinění příbuzní Babiše omlouvají z výslechů a z účasti na trestním řízení ze zdravotních důvodů, nelze s určitostí říci, že se jedná z jejich strany o úmyslnou obstrukci trestního řízení.
