Nárůst finančních prostředků z EU v roce 2016 byl způsoben tím, že EU nestihla vyplatit ČR 31 miliard korun za rok 2015 a ty se pak přelily do následujícího kalendářního roku, jak uvedl Babiš pro server iHned.cz. Výroční zpráva Eureport 2017 (.pdf, str. 41) uvádí, že nárůst čerpání finančních prostředků z EU v roce 2016 způsobila snaha místních odpovědných subjektů dočerpat prostředky, které byly ČR alokovány pro víceletý finanční rámec 2007-2013. Projekty a programy z tohoto programového období musely být dokončeny a dofinancovány právě do konce roku 2015.

Členské země EU mohou z evropského rozpočtu čerpat finanční prostředky jako granty, dotace, půjčky, ceny a veřejné zakázky. Žádost o tyto finanční prostředky mohou podat občané, organizace a vlády spadající do jedné ze šesti hlavních kategorií: malé a střední podniky, neziskové a nevládní organizace, mladí lidé, výzkumníci, zemědělci, veřejnoprávní subjekty.

Financování z rozpočtu EU je spravováno třemi způsoby. V přímém řízení jsou spravovány přímo Evropskou komisí projekty, které spadají výhradně pod její působnost. Sem patří například udělování grantů, či monitoring naplňování rozpočtu.

V nepřímém řízení se jedná o financování programů v gesci nečlenských zemí, mezinárodních organizací, rozvojových agentur apod.

Posledním typem je sdílené řízení, které spravuje 80 % evropských finančních prostředků. Evropská komise vytvoří dohodu s členskou zemí, ve které stanoví podmínky čerpání financování u konkrétních programů na stanovené období (zpravidla se jedná o víceletý finanční rámec EU v rozmezí 5 až 7 let, v současnosti platí rámec pro roky 2014-2020). Členské země pak zodpovědnost za řízení čerpání (zejména tedy výzev k podávání návrhu a zadávacích řízení pro čerpání) vyčleněných finančních prostředků pro dané programy delegují na odpovědná ministerstva a jiné veřejnoprávní orgány.

Způsob čerpání finančních prostředků EU v ČR monitoruje NKÚ, který také vydává od roku 2008 výroční zprávu EU report. Výroční zpráva Eureport 2017 (.pdf, str. 41) uvádí, že nárůst čerpání finančních prostředků z EU v roce 2016 způsobila snaha místních odpovědných subjektů dočerpat prostředky, které byly ČR alokovány pro víceletý finanční rámec 2007-2013. Projekty a programy z tohoto programového období musely být dokončeny a dofinancovány právě do konce roku 2015.

U projektů z VFR 2007-2013 byly dle výročních zpráv NKÚ zjištěny problémy s korupčními kauzami, porušením zákona o veřejných zakázkách, výběrem nevhodných projektů a zdlouhavými schvalovacími procesy. V důsledku zjištěných korupčních kauz a porušení zákona dočasně pozastavila Evropská komise plošně vyplácení financování všech programů v rámci VFR 2007-2013.

Například Operační program pro Podnikání a inovace byl Komisí pozastaven až do června 2015, kdy Komise opět povolila čerpání alokovaných 38 miliard korun. Ty byly v době pozastavení žadatelům vypláceny ze státních prostředků. Prakticky to fungovalo tak, že zájemci o dotace mohli své projekty předkládat ke schválení a následně je dostávali proplacené z národních zdrojů. „Jde o dávno vyplacené peníze, které nám Evropská komise refunduje po dvou letech. Bude to významná injekce i pro státní rozpočet, protože EK dva roky zadržovala proplácení peněz a ty tak šly výhradně z českého rozpočtu. Jednorázově tak získáme právě těch 38 miliard korun,“ vysvětlil náměstek ministra průmyslu a obchodu Tomáš Novotný.

Rozpočet roku 2015 skončil v deficitu zhruba 62,8 mld. Kč. V roce 2016 byl rozpočet na konci roku v přebytku 61,7 mld. Kč. Na konci roku 2017 byl ale ve schodku přibližně 6 mld. Kč. Tvrzení, že Česká republika má přebytkový nebo vyrovnaný rozpočet tak není zcela přesné, pokud zvážíme delší časovou perspektivu. Rovněž nepravdivé je tvrdit, že ČR nemá možnost plánovat evropské peníze. Navíc problémy s čerpáním jsou způsobeny českými korupčními kauzami, nikoliv tím, jak funguje vyplácení evropských peněz.