Zpracovatelem auditu jsou specializovaní auditoři Evropské komise – Generální ředitelství pro regionální a městskou politiku a Generální ředitelství pro zaměstnanost, sociální věci a sociální začleňování . Pro každý operační program musí být stanoven auditní orgán, který svá zjištění předkládá Komisi. Řízení a realizace auditů je z velké části přenesena na správní orgány na nižší a národní úrovni. Toto pro Českou republiku zajišťuje auditní orgán při Ministerstvu financí.

Auditoři se v návrhu zprávy zaslané Evropskou komisí odkazují na evropskou směrnici č. 2015/849. Dle směrnice je tzv. beneficial owner (skutečný vlastník) správce, zřizovatel, ochránce anebo příjemce fondů. Andrej Babiš je tedy podle auditorů skutečným majitelem svěřenských fondů. Své závěry dokládají na stanovách svěřenských fondů a smlouvách se správci fondů. Konkrétní argumenty v návrhu uvádí, že fondy jsou ustavené pouze na dobu působení Andreje Babiše ve vládě. Dále, že správce fondů může být odvolán samotným Babišem anebo Radou protektorů, jejíž členové mohou být voleni i odvoláni taktéž současným premiérem. Kromě toho v ní on sám může mít hlas, pokud se zúčastní jejích schůzek. Zároveň je součástí Rady protektorů i manželka Andreje Babiše jako tzv. rodinný protektor. Bez přítomnosti rodinného protektora není rada protektorů usnášeníschopná. Po ukončení svěřenských fondů budou aktiva vyplacena Babišovi. Avšak i během jejich působení může mít zisk z fondů.

Podobné, ale ne zcela stejné důvody uvádí (.pdf, str. 5–8) i Transparency International (TI) v dokumentu, který zaslala Evropské komisi v září 2018. V něm uvádí důvody, proč je Andrej Babiš skutečným vlastníkem společnosti Agrofert, a tak porušuje unijní předpisy. TI však kromě směrnice č. 2015/849 vychází ze slovenského Registru partnerů veřejného systému a předpisů českého práva.

Organizace Transparency International je dle Andreje Babiše zkorumpovaná, protože je financovaná politiky, Bruselem a OLAFem (Evropský úřad pro boj proti podvodům). Ředitel TI David Ondráčka potvrzuje (cca 13:30–14:30) příjem financí ze strany Evropské komise nebo OLAFu. Jsou to však peníze v podobě grantů nebo projektů, které slouží na vzdělávací a analytické aktivity. Nejsou poskytovány na konkrétní kauzy.

Pirátská strana se také dlouhodobě domnívá, že v případu Andreje Babiše dochází ke střetu zájmů. Piráti tedy tvrdí, že Babiš je vlastníkem Agrofertu, zakladatelem svěřenského fondu a také člověkem, který má zisk z těchto fondů. Opírají se o zákon o mezinárodní spolupráci a také o slovenský rejstřík zmíněný i v dokumentu TI. Pirátská strana si také nechala vypracovat analýzu, která má potvrzovat porušování unijního i českého práva týkajícího se střetu zájmů. Tato analýza měla být poskytnuta i Evropské komisi.

Argumenty vysvětlující možný střet zájmů jsou podobné, avšak nelze tvrdit, že zprávu vypracovali jiní autoři než právě speciální auditorský tým EK.