V souvislosti se zakázkou na monitorovací systém evropských fondů, tedy na IT systém připravovaný Ministerstvem pro místní rozvoj, kvůli netransparentnímu výběrovému řízení vyčíslila Evropská komise Česku korekci ve výši cca půl miliardy korun.

Podnětem k neproplacení zakázky byl audit týmu z Ministerstva financí, vypracovaný na žádost Evropské komise, který jako první pochybení odhalil a auditní zprávu zaslal Evropské komisi. Je však důležité podotknout, že v době auditu bylo Ministerstvo financí řízeno právě Andrejem Babišem a Lukáš Wagenknecht byl prvním náměstkem. Jelikož o vypracování auditu MF požádala oficiální cestou Evropská komise a ministr Babiš tak o auditu samotném měl informace, obvinění, že za korekcemi stojí udavač, není na místě.

Po obdržení auditní zprávy od MF pak Komise odmítla proplácet některé projekty až do skončení policejního vyšetřování, které vedla Policie ČR. Kvůli této pauze České republice vznikla škoda cca 820 milionů korun, korekce jako takové se však týkaly pouze zmíněné půl miliardy korun.

„Finanční korekcí / opravou se rozumí zrušení celého nebo části finančního příspěvku na operaci nebo program z veřejných zdrojů v souvislosti se zjištěnými nesrovnalostmi individuálního nebo systémového charakteru,“ vysvětluje informační portál Dotace EU.

Výrok, že Česká republika musela vrátit 800 milionů, je tedy nepravdivý, neboť již zmíněné korekce se týkaly jen cca 500 milionů korun. Žádné dotace ČR vracet nemusela, EU však některé projekty již zaplacené ze státního rozpočtu odmítla proplatit.

Policie odložila trestní věc podezření ze spáchání zločinu a stejně jako Finanční správa se neztotožnila s názorem, že zakázku provázela kartelová dohoda.