Jakub Michálek několikrát prohlásil, že Miroslav Kalousek z TOP 09 by měl odejít do ústraní, protože kvůli němu přichází opozice o hlasy voličů. Toto tvrzení odůvodnil průzkumem, podle kterého tři čtvrtiny lidí Miroslavu Kalouskovi nevěří. Místopředseda Pirátů Michálek uvedl, že „v okamžiku, kdy jednu z nejmocnějších funkcí má pan Kalousek, je nemožné, abychom prosadili jakoukoliv alternativu, protože pan Babiš to bude vždy svádět na pana Kalouska“.

„Myslím si, že TOP 09 by měla zaniknout a uvolnit potenciál pro další subjekty,“ vyjádřil se poslanec Michálek v rozhovoru pro Aktuálně.cz ze dne 5. prosince 2019.

Později se Jakub Michálek za svůj výrok o tom, že by TOP 09 měla být zrušena, na Twitteru omluvil s tím, že to nebylo myšleno jako osobní útok, ale pouze jako politologická úvaha. Jakub Michálek však ve stejném twitterovém příspěvku uvedl: „Zároveň trvám na tom, že pan Kalousek výrazně snižuje šance celé opozice na úspěch.“

Pirátská strana se oficiálně k výroku Jakuba Michálka nevyjádřila. Její předseda Ivan Bartoš svého stranického kolegu podpořil, i když představitelé některých dalších opozičních stran podpořili TOP 09. Podle Ivana Bartoše Jakub Michálek pouze popsal současnou politickou situaci. Prohlásil, že „jistý proces integrace v této části spektra je určitě žádoucí, ostatně se o tom přeci veřejně hovoří a veliká část společnosti to i takto vnímá. Stejně tak jako roli pana bývalého předsedy Kalouska“.

V duchu nepochopení výroku Jakuba Michálka se nesla vyjádření a reakce vrcholných představitelů opozice. Tón jejich odporu vyjádřil například místopředseda ODS Martin Kupka, který se k výroku Jakuba Michálka vyjádřil takto: „Já bych čekal kádrování od komunistů, možná od poslanců z hnutí ANO, ale od Pirátů to bych nečekal.“