Evropská komise ve finálním auditu potvrdila závěry předběžného auditu z května 2019 a vyhodnotila, že Andrej Babiš nepřímo ovládá firmu Agrofert. Evropská komise uvádí (Final audit, str. 18–19), že Babiš tak činí prostřednictvím svěřenských fondů, mimo jiné například jmenuje a odvolává členy Rady protektorů, jejíž součástí je i jeho manželka. Monika Babišová nyní zastává funkci rodinného protektora, bez které rada není usnášeníschopná.

„Considering the above governance features, in particular that Mr Babiš has defined the objectives of trust funds (notably the protection of his interests), set up their functioning and appointed all their actors, whom he can also dismiss, Mr Babiš currently exercises a decesive influence over the two trust funds. Mr Babiš therefore controls the two trust funds and, through these trust funds, he also controls the Agrofert group.“ (Final audit, str. 21)

Dle Evropské komise se premiér Babiš dostal do střetu zájmů, čímž porušil (Final Audit, str. 66 a 68) § 4 zákona č. 159/2006 Sb. i § 4c zákona č. 159/2006 Sb. a článek 61 nařízení EU č. 2018/1046 (.pdf, str. 57). Podle tohoto článku se osoby podílející se na plnění rozpočtu musí zdržet jednání v případě, že by mohlo dojít k ohrožení nestranného a objektivního výkonu funkcí, ať už z důvodu hospodářského nebo jiného osobního zájmu.

Komise došla k závěru, že české orgány nebyly (Final Audit, str. 68) schopny zajistit, aby nedocházelo k porušování zákona č. 156/2006 Sb. o střetu zájmů, čímž Česká republika porušila finanční pravidla EU vyplývající z článku 32 odst. 3 nařízení č. 2012/966 (.pdf, str. 25) a článku 36 odst. 3 nařízení EU č. 2018/1046 (.pdf, str. 44).

Do České republiky dorazila finální zpráva auditorů Evropské komise 29. listopadu 2019 v angličtině. Závaznou se ale stává až doručením českého překladu. Podle vyjádření mluvčího Evropské komise bude mít Česko od toho dne dva měsíce na to, aby sdělilo, jak plní obsažená doporučení. Po uplynutí dvouměsíční lhůty Evropská komise rozhodne o dalším postupu.