Již v roce 2015 probíhal na Ministerstvu pro místní rozvoj v souvislosti s monitorovacím systémem evropských fondů audit, který prováděl tým Ministerstva financí na žádost Evropské komise. Tento audit později odhalil pochybení v zakázce. V březnu 2015 se o podklady k zakázce začala zajímat také policie. „Ministerstvo pro místní rozvoj poskytuje maximální součinnost Policii České republiky, která sem dnes přijela a vyžádala si určité podklady k zakázkám, které se týkají monitorovacího systému 2014–2020,“ uvedla pro Českou televizi tehdejší ministryně pro místní rozvoj Karla Šlechtová (za ANO).

Pro doplnění uveďme, že v době zmíněného auditu bylo Ministerstvo financí (MF) řízeno Andrejem Babišem a Lukáš Wagenknecht zastával pozici prvního náměstka. Jelikož o vypracování auditu MF požádala oficiální cestou Evropská komise a ministr Babiš tak o auditu samotném měl informace, je jeho obvinění Lukáše Wagenknechta značně problematické.

Po obdržení auditní zprávy od MF pak Komise odmítla proplácet některé projekty až do skončení policejního vyšetřování Policie ČR a zároveň tehdy také odložila rozhodnutí o výši částky, kterou České republice neproplatí. Vláda nicméně obratem rozhodla (.pdf) o proplacení monitorovacího systému ze státního rozpočtu. Stát ve výsledku přišel o cca 820 milionů korun ze zdrojů Evropské unie.

Policie později vyšetřování zakázky Ministerstva pro místní rozvoj na monitorovací systém evropských dotací odložila.

Byť byl Lukáš Wagenknecht jako tehdejší první náměstek ministra financí tím, kdo měl na starost audit na Ministerstvu pro místní rozvoj, o provedení auditu požádala a na základě auditní zprávy pak rozhodla Evropská komise. O tom, že bylo 820 milionů korun vyplaceno ze státního rozpočtu, rozhodla vláda, v níž funkci ministra financí zastával Andrej Babiš. Nelze tedy tvrdit, že je Lukáš Wagenknecht tím, kdo by zapříčinil, že „česká kasa“ přišla o více než 800 milionů korun. Výrok z tohoto důvodu hodnotíme jako nepravdivý.