Prezidentu republiky náleží na základě článku 62 Ústavy pravomoc jmenovat soudce Ústavního soudu. Tato pravomoc patří mezi tzv. výlučné pravomoci, ke kterým prezident nepotřebuje spolupodpis (kontrasignaci) premiéra. Na rozdíl od dalších výlučných pravomocí, jako je např. jmenování předsedy vlády nebo jmenování členů bankovní rady České národní banky, ale ke jmenování soudce Ústavního soudu potřebuje souhlas Senátu. K vyslovení souhlasu s navrženým kandidátem na soudce Ústavního soudu je třeba nadpoloviční většina přítomných senátorů.

Kromě výlučných pravomocí má prezident také pravomoci kontrasignované. U nich je nezbytný spolupodpis předsedy vlády nebo jím pověřeného člena vlády, jde např. o zastavení trestního stíhání, vyhlášení amnestie či jmenování soudců.