Prezident má pravomoc vyhlásit amnestii na základě článku 63 Ústavy České republiky. Odstavec 3 stejného článku pak stanovuje, že „rozhodnutí prezidenta republiky vydané podle odstavců 1 a 2 vyžaduje ke své platnosti spolupodpis předsedy vlády nebo jím pověřeného člena vlády.“

Hodí se dodat, že za veškerá rozhodnutí hlavy státu, která vyžadují spolupodpis (jinými slovy kontrasignaci) premiéra, případně jím pověřeného člena vlády, odpovídá vláda.

Od vzniku České republiky byla amnestie vyhlášena třikrát. Poprvé 3. února 1993 Václavem Havlem po svém prvním zvolení prezidentem ČR; podruhé přesně o pět let později opět Václavem Havlem na začátku jeho druhého funkčního období a potřetí Václavem Klausem před koncem jeho druhého volebního období, s účinností od 2. ledna 2013. Současný prezident Miloš Zeman již dříve avizoval, že amnestii vyhlásit neplánuje.