Za dobu existence samostatné České republiky nebyla KDU-ČSL přítomna v následujících vládách:

Miloš Zeman (17. července 1998 - 15. července 2002) - vláda menšinového kabinetu ČSSD, jejíž vznik byl umožněn tzv. Opoziční smlouvou s ODS.

Mirek Topolánek I (16. srpna 2006 - 11. října 2006) - vláda ODS a nestraníků, která však nezískala důvěru v Poslanecké sněmovně.

Jan Fischer (8. května 2009 - 13. července 2010) - úřednický kabinet, do kterého byli vybráni zástupci ODS, ČSSD a Strany zelených. V hlasování o důvěře jej podpořilo několik poslanců KDU-ČSL, byli to ti, kteří posléze ze strany odešli do nově vznikající TOP 09.

Petr Nečas (13. července 2010 až doposud) - koaliční vláda současného premiéra se neopírá o poslance KDU-ČSL, jelikož nejsou přítomni v Poslanecké sněmovně.

V čase existence ČSFR je nutné rozlišovat dvě úrovně vlád - federální a národní. Události těsně předcházející volbám v roce 1990 (obvinění předsedy ČSL Bartončíka Janem Rumlem (Občanské fórum) z vazeb na StB, známé též jako "aféra Bartončík") a následný neúspěch strany v těchto volbách, vedly k nedelegování žádných svých zástupců do vlády na federální úrovni jako protestu proti postupu zástupců Občanského fóra. V případě národní vlády však strana aktivní byla a jejími zástupci ve vládě Petra Pitharta byli Antonín Baudyš (místopředseda) a Ludvík Motyčka (ministr stavebnictví až do zrušení tohoto úřadu).