Po obsazení Československa a vytvoření Protektorátu došlo vzápětí i k pozastavení činnosti Řádu německých rytířů. Majetek byl podřízen říšsko – německé správě. Řád přestal za války fakticky existovat (.doc str. 3). Po vypuknutí druhé světové války byl řád pronásledován, řada jeho členů (zejména mužské větve) byla nacisty vězněna, popravena nebo zavražděna.

Po válce byl majetek řádu zabrán dekretem presidenta republiky č. 5, který se týká neplatnosti majetkových převodů na Německou říši a uvalení národní správy na německé a kolaborantské majetky. Ačkoliv nešlo o německou, ale nadnárodní, protinacisticky zaměřenou a nacisty pronásledovanou organizaci, československé (komunisty ovládané) ministerstvo zemědělství v roce 1946 vyhlásilo konfiskaci majetku řádu podle Benešových dekretů a následně ji provedlo.

V roce 1948 Nejvyšší správní soud nálezy ze dne 2. 2. 1948 a ze dne 17. 12. 1948, sp. zn. 690/46, o rozhodl o stížnosti Řádu německých rytířů a národní správy jeho statků v Bruntále na rozhodnutí Ministerstva zemědělství ze dne 19. 8. 1946 a opatření téhož ministerstva ze dne 30. 8. 1946 o převzetí zemědělského majetku.Stížnost národní správy byla odmítnuta a o stížnosti Řádu německých rytířů bylo rozhodnuto tak, že uvedené správní akty (konfiskace) byly zrušeny (viz usnesení Ústavního soudu ze dne 7. 1. 2009 sp. zn. II.ÚS 2904/08). Konfiskace prohlásil za neodůvodněné a nezákonné a vydal rozhodnutí, podle kterého náleží konfiskovaný majetek stále řádu. Komunistický převrat ale znemožnil převzetí majetku řádem.

Někteří členové řádu tedy byli za války uvězněni a řádu byla znemožněna činnost. Po válce jim byl na základě Benešových dekretů zkonfiskován majetek, roku 1948 však Nejvyšší správní soud rozhodl o neoprávněnosti konfiskace. S jedinou výhradou (soud rozhodl roku 1948, nikoliv 1947) tak hodnotíme výrok jako pravdivý.