Ministerstvo zdravotnictví a jeho ministr Svatopluk Němeček (ČSSD) je vystavován soustavné kritice zejména ze strany předsedy hnutí ANO Andreje Babiše.
Resortní program ANO kromě jiného kritizuje plýtvání finančními prostředky. "..v mnoha případech stále dochází k nákupům předražené zdravotnické techniky, zdravotnického materiálu a nekoncepčním nákupům léčivých přípravků. Zdravotní pojišťovny nefungují jako pojišťovny. Pacienti navíc přispívají na nepřehledné projekty, jako je například IZIP. Přístup k preventivním programům je chaotický. Zcela zásadní je neexistence dlouhodobého strategického plánu a kontroly využití finančních prostředků." Rezervy ve zdravotnictví se staly tématem jednoho z dílů servilního promo rozhovoru seriálu hnutí ANO Babišova kavárna, kritice Andreje Babiše neušly netransparentní předražené nákupy lékařských pomůcek nebo plýtvání peněz v rámci resortu.
Vládní kolega Andreje Babiše Svatopluk Němeček je oblíbeným terčem předsedy hnutí ANO na Twitteru.
V rámci předvolebního boje ke krajským volbám spustilo hnutí kampaň "Chceme lepší Česko". Z dravé zdravotnictví, které je jednou z částí kampaně kritizuje netransparentnost, neefektivnost a korupci krajského zdravotnictví. Hnutí ANO v programu ke krajským volbám prosazuje v oblasti zdravotnictví následující: "Zavedeme proto centrální nákupy a nákupy ve sdružení, které povedou k výrazným úsporám veřejných peněz. Proč krajské nemocnice nenakupují obvazy společně s fakultními nemocnicemi? Proč se přístroje nenakupují hromadně? Věděli jste, že například v Moravskoslezském kraji je 11 magnetických resonancí, přičemž některé z nich jsou dokonce vzdáleny jen 2 km od sebe? Není tohle právě důkaz absurdního plýtvání veřejnými prostředky? Zavedeme projekt open data krajského zdravotnictví, který na jednom místě ukáže, za kolik peněz a v jaké kvalitě nakupují nemocnice léky, zdravotnický materiál či služby. Díky úsporám budeme tedy myslet i na zdravotnický personál a zvýšení jeho platů." Na adresu zdravotnictví se ministr financí Babiš naposledy vyjádřil 21. září v otevřeném dopise (.pdf), jehož adresátem byl předseda České lékařské komory Milan Kubek. Zdravotnictví dle Babiše netrpí nedostatkem peněz, schází mu ale jasná koncepce a efektivnost.