Interpretace Luďka Niedermayera o podpoře velkých firem z evropských fondů je hodnocena jako zavádějící. Je sice pravdou, že v rámci programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK), ve kterém se v aktuálním programovacím období rozděluje 117 miliard korun, byla navýšena alokace v prvních výzvách na 40 % pro velké podniky, v rámci celého programu ale musí být zachován limit 20 % podpory pro velké podniky - program je totiž primárně určen pro podporu malých a středních podniků. V rámci dalších výzev tedy budou tyto malé a střední podniky opět zvýhodněny na úkor těch velkých.

V rámci prvních výzev pro aktuální programovací období na roky 2014-2020 mohou nově velké firmy v dotačních programech Inovace, Potenciál, Úspory energie a ICT a sdílené služby vyčerpat až 40 % dostupné částky.

V lednu 2016 se objevily v médiích spekulace o tom, že Evropský úřad proti podvodům (OLAF) vyšetřuje možný střet zájmů při jednání o úpravě této alokace, která se na současných 40 % pro velké firmy zvýšila oproti původně požadovaným 20 %. Za navýšení měl lobbovat Petr Cingr, jeden z manažerů společnosti Agrofert, kterou vlastní ministr financí Andrej Babiš. Cingr je zároveň prezident Svazu chemického průmyslu a z této pozice prý navýšení také prosazoval.

Ministerstvo průmyslu a obchodu ale upřesnilo, že navýšení limitu alokací pro velké firmy se týká pouze prvního kola výzev s tím, že v celém programovacím období zůstane limit 20% alokace prostředků pro velké firmy zachován.