Podle serveru etrzby.cz, který spravuje finanční správa se skutečně bude EET zavádět postupně ve čtyřech fázích.

V 1. fázi, která bude zahájena od 1. prosince 2016 se do evidence připojí ubytovací a stravovací služby.

2. fáze bude následovat 1. března 2017 a bude se týkat maloobchodu a velkoobchodu.

3. fáze bude od 1. března 2018 evidovat svobodná povolání, dopravu a zemědělství

4. fáze se bude týkat vybraných řemesel a výrobních činností od 1. června 2018.