V rámci podpory vývoje a výzkumu jsou zavedeny daňové odpočty ve formě uznatelných nákladů. Ministerstvo financí a finanční úřady upozorňují na možná rizika této daňové podpory (.pdf,str. 43). K daňovým optimalizacím tak určitě dochází, tato činnost však není nelegální.
Správce daně však upozorňuje např. „na to, že právě v posledních letech byla zaznamenána u některých firem nabízejících různé poradenské služby také ‚ nová podnikatelská aktivita ' v té podobě, že oslovovaly jednotlivé poplatníky a za úplatu vyjádřenou v procentech z úspory na dani z příjmů jim nabízely zpracovat projekt výzkumu a vývoje (mnohdy i zpětně) s tím, že výzkum nebo vývoj určitě provádějí, ale pouze ve svůj neprospěch neuplatňují předmětný odpočet.“ Je tedy nutné zjistit, jestli projekt skutečně podniku slouží k výzkumu a inovaci. Finanční správa ale často nemá prostředky ani odborníky, kteří by byli schopni to posoudit.
Na problémy s uplatněním odečitatelné položky daně si stěžují i některé podniky. Často totiž nevědí, jestli finanční úřad posoudí projekty výzkumu a vývoje jako dostatečně inovativní. V tomto případě by jim hrozila pokuta.