Rozdíly v krajích, to je problém financování, toho, jak dneska financujeme školy. (...) Školy nemají stejné podmínky pro vzdělávání. Je velký rozdíl mezi malotřídkou ve Zlínském kraji a velkou základní školou v Praze.
Současný systém financování škol v regionech je založen na republikových a krajských normativech. Upravuje jej školský zákon (§ 161).
Podle republikového normativu ministerstvo školství rozhodne o objemu transferu prostředků do jednotlivých krajů. Jedná se o výdaj na jednoho žáka. Kraje potom podle stejného principu rozhodnou o transferu prostředků mezi školy (podle počtu žáků). Kraje s vyšším počtem malých škol jsou znevýhodněny oproti krajům, které mají více velkých škol, protože menší školy jsou jednotkově nákladnější.
Školský portál Pardubického kraje uvádí srovnání dvou modelových základních škol, na nichž lze demonstrovat rozdíly mezi kraji. Ne sice konkrétně mezi Zlínským krajem a Prahou, ale zřetelný rozdíl je vidět např. mezi Olomouckým krajem a Prahou. Současný systém také zvýhodňuje školy s větší naplněností tříd. „Vezmeme-li jako konkrétní příklad dvě základní školy, které by měly v podstatě stejné prostorové uspořádání (stejný objekt, stejný druh vytápění, stejný počet tříd (např. 9), kabinetů a dalších místností, stejná schodiště i chodby, ale lišily by se pouze tím, že ve třídách první z nich by se učilo v průměru 18 žáků/třídu a v druhé z nich 23 žáků na třídu, pak v současném systému financování první základní škola obdrží v roce 2015 na mzdy svých provozních zaměstnanců v průměru pouze cca 547 tis. Kč/rok, zatímco druhá škola na tento účel obdrží cca 658 tis. Kč/rok, tj. o cca 20 % více než škola první.“ Počet žáků má vliv i na odměňování učitelů a zaměstnanců. Ministerstvo školství chystá reformu, která by měla upravit systém financování.
