Během působení Bohuslava Sobotky na ministerstvu financí prohrál stát arbitráž s CME za 10,7 miliardy korun. Další 3,6 miliardy korun pak stálo narovnání arbitráže s japonskou skupinou Nomura. Zde však narovnání zabránilo mnohem větším výdajům státu. Přesto, že arbitráže spadají do působnosti ministerstva financí, není možné tvrdit, že případný výsledek arbitráže je čistě zásluhou konkrétního ministra. Tyto spory se obvykle táhnou dlouho a tak má konkrétní ministerstvo v době rozhodnutí na výsledku arbitráže jen částečný podíl.

Bohuslav Sobotka byl ministrem financí v letech 2002–2006. V tomto období byly proti České republice ukončeny tři arbitrážní spory; vítězný s firmou Nagel a prohraný se společností CME.

Arbitráž se společností CME vyšla český stát na 10,7 miliardy korun. Spor byl ukončen v březnu 2003. Jednalo se o znehodnocení investice do televize Nova. Arbitrážní spor začal v září 2001. Původ má už ale v roce 1999, kdy Vladimír Železný oddělil televizi Novu od amerických partnerů a zároveň došlo k majetkovým přesunům. Toto rozdělení potvrdila Rada pro rozhlasové a televizní vysílání, čímž se právě dopustila porušení mezinárodní smlouvy o ochraně investic. Česká republika byla žalována kvůli nedostatečné ochraně investice skupin CME právě do televize Nova. Podle tehdejšího premiéra Špidly je za prohranou arbitráž odpovědná Rada pro rozhlasové a televizní vysílání, radní v souvislosti s výsledkem arbitráže odvolal. Ochrana zahraničních investic a potažmo arbitráže jako takové ale spadají do kompetencí ministerstva financí.

V roce 2006 byl také rozhodnut spor se společností Saluka/Nomura, kde se jednalo o prodej banky IPB do rukou ČSOB. Ve věci byl 17. března 2006 vydán částečný rozhodčí nález, v listopadu pak byla uzavřena dohoda o narovnání. Podle později odtajněných dokumentů zaplatila Česká republika odškodné 3,6 miliardy korun, čímž se ale vyhnula placení mnohem vyšší kompenzace (až 20 mld. korun). Na přípravě dohody se podle tehdejšího ministra financí Tlustého podíleli hned tři ministři včetně Bohuslava Sobotky.