Jiří Drahoš mluví o situaci z roku 2009, kdy Akademii věd (AV) hrozily zásadní rozpočtové škrty. Po řadě protestů, mediálních vyjádření i jednání k nim nedošlo, příčemž Drahoš byl přímým účastníkem těchto jednání. Oznámení o umenšení škrtů veřejně zaznělo po jeho schůzce s tehdejším předsedou vlády Fischerem – je tedy pravda, že jeho snaha o zmírnění škrtů byla úspěšná. Nehodnotíme však, zda škrty byly snahou o likvidaci Akademie – byly důsledkem ekonomické krize a reformy financování vědy; vědci o likvidaci mluvili, avšak tuto část nelze posoudit. Výrok tak hodnotíme jako neověřitelný, neboť zda měla být Akademie věd zlikvidována, takový úmysl nejsme schopni doložit. Jde spíše o subjektivním dojem Drahoše.

V dané věci šlo o situaci ohledně rozpočtu pro vědu na rok 2010 (s výhledem na 2011 a 2012), za Fischerovy úřednické vlády, konkrétně po usnesení vlády z 29. července 2009. Příprava reformy ale začala již s Topolánkovou vládou: v průběhu ledna 2008 byla schválena východiska reformy a v březnu pak dokument o samotné reformě.

Na to pak navazovala první Metodika hodnocení výsledků výzkumu, která byla v souladu s touto reformou. Vláda Mirka Topolánka padla v březnu 2009 a nahradila ji Fischerova vláda.

Tato reforma provádí hodnocení výsledků (například publikací, patentů, článků, softwaru atd.) konkrétní instituce převodem na jednotnou numerickou škálu (jde tedy o kvantifikaci vědeckých výstupů). Reforma též zavedla Technologickou agenturu a část peněz měla být alokována do výzkumu pod ministerstvy, hlavně ministerstva průmyslu. Tuto metodiku považovali vědci za nesprávně postavenou, navíc zvýhodňující aplikovaný výzkum.

Akademie protestovala a tehdejší předseda Drahoš je označoval za likvidační. Proti návrhu rozpočtu se stavěly také další výzkumné organizace, jako Rada veřejných výzkumných institucí aplikovaného výzkumu nebo Učená společnost České republiky. Proti škrtům na vědu také probíhaly demonstrace. Vědci považovali reformu za likvidační pro základní výzkum, hlavně pro Akademii věd. Jiří Drahoš mluvil o krizi ve financování vědy například ve svém projevu na zasedání Akademického sněmu AV v roce 2010, z čehož je patrné, že situace trvala delší dobu a spíše eskalovala.

Původní plán rozpočtu z roku 2009 počítal s dvacetiprocentním poklesem rozpočtu Akademie věd. Zejména ale návrh počítal s dalším, postupným krácením výdajů pro AV. Z výdajů ve výši 5,8 miliardy, které AV měla rozpočtovány pro rok 2009, šlo o snížení až na 2,8 miliardy v roce 2012. To se nakonec nestalo.

Předseda Drahoš vedl jednání s premiérem Fischerem a dosáhl výrazně menšího snížení rozpočtu, než bylo v plánu, a vláda též upustila od návrhu snižovat rozpočet v dalších letech. Toto jednání se uskutečnilo 30. července 2009 a premiér Fischer po něm uvedl, že vláda škrt vůči AV sníží o půl miliardy korun oproti své původní představě. Pokud budeme sledovat, jak se v daných letech vyvíjel rozpočet AV (viz graf), je zjevné, že se sice snížil právě v daném roce a postupně mírně klesal, nedošlo ovšem k výraznému seškrtání rozpočtu až na polovinu, jak bylo původně zamýšleno.