Od října 2017 bylo obviněno v souvislosti s padesátimilionovou dotací na farmu Čapí hnízdo 11 lidí včetně předsedy ANO Andreje Babiše a místopředsedy ANO Jaroslava Faltýnka. V květnu 2018 zrušil státní zástupce trestní stíhání v této kauze u čtyř osob, přičemž jednou z těchto osob byl místopředseda Faltýnek.

Podle zjištění deníku Právo státní zástupce Jaroslav Šaroch v textu usnesení o zamítnutí stížnosti Andreje Babiše a dalších obviněných osob proti jejich trestnímu stíhání v kauze Čapí hnízdo zmiňuje, že doposud získané důkazy policií nejsou dostačující. Žalobce ovšem policii neřekl, aby předložila důkazy. V usnesení dotyčného kriminalistu vybízí k doplnění stávajících důkazů a zmiňuje, aby byly vyřešeny zásadní rozpory v posudcích na ekonomiku. Jeden posudek byl vypracován pro policii, druhý pro obhajobu, jejich závěry se rozcházejí.

„Šaroch fakticky nařídil kriminalistům, aby si vyžádali od jimi přizvaného znalce doplnění jeho posudku, a naopak aby se podrobně vyjádřil k oponentní expertíze předložené obhajobou.“

Státní zástupce Šaroch v dokumentu uvedl, že by měl policejní orgán napadnutému usnesení opatřit další důkazní materiál, kterým by svá tvrzení ve věci trestního stíhání v kauze Čapí hnízdo dostatečně podpořil. Připouští, že v opačném případě by se mohlo stát, že dojde k zastavení trestního stíhání i u dalších osob. Je podstatné zmínit, že žalobce zároveň po policii nepožaduje, aby předložila nějaké důkazy, neboť by policie žádné důkazy dosud neměla, jak ve výroku naznačuje Andrej Babiš.