V rozhovoru pro server Novinky.cz ze 3. června 2018 Milan Chovanec uvedl: „Pokud sociální demokraté podpoří vstup, tak se nebudu bránit vůli členské základny a vládu podpořím.“

Při vyslovování důvěry vládě dne 12. července 2018 byl ale Milan Chovanec z hlasování omluven, a druhou vládu Andreje Babiše tak nepodpořil, jak ukazuje přepis hlasování.

V den hlasování Chovanec veřejně prohlásil, že vyslovení důvěry této vládě je v rozporu s jeho poslaneckým slibem, který ho zavazuje vykonávat mandát dle svého nejlepšího vědomí a svědomí. Podle České televize vadí Chovancovi také to, že druhá vláda Andreje Babiše je závislá na toleranci KSČM, což je v rozporu s bohumínským usnesením. Tímto usnesením ČSSD v roce 1995 vyjádřila nepřípustnost spolupráce s jakoukoli extremistickou politickou stranou.