Výhrady ohledně činnosti ministra dopravy Daniela Ťoka vznesl Vojtěch Filip například v srpnu 2018 po odvolání pěti členů dozorčí rady ČD. V souvislosti s těmito změnami pohrozil, že by KSČM nemusela hlasovat pro státní rozpočet na rok 2019, pokud s ní vláda nebude předem konzultovat takto významné změny. Vojtěch Filip se postavil také proti návrhu ministra dopravy na prodej ČD Cargo: „Považuji to za další hazard s majetkem státu a s národním dopravcem. Pan ministr si asi neuvědomuje, že jsme tranzitní zemí, kde doprava je strategickou záležitostí, a to nejen u dopravy osobní, ale i v dopravě zboží, tedy v nákladní dopravě.“

KSČM kritizuje Daniela Ťoka také kvůli prosincovému kolapsu dopravy na dálnici D1, a nebránila by se tak případným změnám na postu ministra dopravy.