V březnu roku 2017 požádala Evropská komise Českou republiku o korekci ve výši 22 milionů korun. Tato pokuta byla udělena na základě údajného střetu zájmů Jaroslava Faltýnka ve vztahu k dotaci 1,5 miliardy korun, kterou obdržel v letech 2014 a 2015 holding Agrofert. Zpráva Evropské komise uvádí, že Jaroslav Faltýnek (v té době člen představenstva Agrofertu) dohlížel na rozdělování těchto peněz coby člen dozorčí rady Státního zemědělského intervenčního fondu (SZFI). Tímto se Jaroslav Faltýnek dostal do pozice, kdy měl na rozdělení těchto peněz jak profesní zájem jako člen dozorčí rady, tak i osobní zájem jakožto příjemce. Takové jednání je podle Petra Holuba, autora článku pro portál Echo24.cz (rozhovor pro ČT24, čas 5:40) považováno Evropskou komisí za střet zájmů.

Zpráva Evropské komise nebyla konečná, ale pouze prozatímní, a Česká republika podala obratem žádost o smírčí řízení. V srpnu 2018 bylo toto rozhodnutí s konečnou platností změněno a Česká republika byla zbavena povinnosti zaplatit dříve požadovaných 22 milionů korun. Podle konečného rozhodnutí Komise totiž dozorčí rada SZFI, jíž byl Faltýnek členem, nemohla ovlivnit přidělování jednotlivých dotací.